1、原料不同：元書紙是采用富陽、龍遊等地產的竹纖維為原料，而毛邊紙則是采用嫩竹作為原料，兩者的原料有所不同，這也導致了它們在性能和用途上的差異。
2、制作工藝不同：元書紙的制作需要經過多道工序，包括石灰浸漬、堆積、蒸煮、漂白、打漿、水撈、加膠、貼洪等，這些工序使得元書紙具有較好的耐久性和強度。而毛邊紙的制作工藝相對簡單，通常是將嫩竹經過漚浸、堿煮、漂白、打漿等工序後制成紙漿，再經過手工撈制而成。
3、用途不同：元書紙由於其較高的耐久性和強度，常被用於練習書法、繪畫等領域，也可以用於制作古籍、信箋等文化用品。而毛邊紙則因其質地柔軟、價格低廉，常被用於印刷、包裝、書寫等領域。