魏晉玄學是對漢代經學的揚棄。東漢被推翻後，傳統的儒家思想被壹掃而空。魏晉統治者試圖用老莊解釋儒家經典，推行三本(即《三玄》)，用《譚旋》為自己腐朽的生活方式辯護。魏晉玄學產生並迅速發展。第壹階段，玄學著名領袖言和、王弼創立了“玄學之始”、“世間萬物皆以虛無為基礎”的玄學。第二階段，樂光和魏延修正了“無為而治”，提出了“崇尚存在”的形而上學。第三階段，郭象《莊子註》中的“獨”論融合了“貴無”與“崇有”的思想，將玄學推向頂峰，為精英壟斷政治權力提供了理論支持。
玄學與反玄學的爭論，不僅僅是有無的問題，還有文字和意義的問題。形而上學家利用認知過程的復雜性來誇大言意之間的差異和矛盾，以此來論證他們的虛無本體論，而歐陽漸則以“言不盡意”的理論來批駁虛無本體論。
這壹時期的第二個特點是道教和佛教的出現。東晉時，儒釋道已經處於分裂狀態。由於長期的社會混亂，許多人感到無法控制自己的命運，不得不在宗教幻想中尋求安慰。魏晉南北朝玄學逐漸衰落，統治者主張儒道佛合流，道佛盛行，在理論上發展為道家哲學和佛教哲學。道教由張道陵(公元141)創立，其中心思想是幻想長生不老，成為神仙。道教尊奉中國古代思想家老子為教主，吸收儒家道統和佛教輪回說，經過長期融合演變而成。東晉哀帝(公元362-365年)是壹位信奉道教的皇帝。平日裏喜歡吃“長生不老”的藥，以至於中毒，無法處理朝廷的事務。東晉道士葛洪主張以神仙養生為內功，以儒學為外功，從而建立了完整的崇道成仙理論，對這壹時期道教的發展產生了重要影響。葛洪神仙道教的最高理念是“玄”。他把“玄”稱為“道”、“壹”，認為玄是世間萬物運動的根本。他說:“玄者是自然之祖，萬物之大宗也。”(抱樸子《常玄》)他還認為玄和道是最高的精神實體，存在於人體內，即“袁遺”或“壹真”，是人體內的壹種神秘的精神。人若修習“守壹”，與“元壹”結合，則“守壹守真能通神”，便可長生不老，成為超能力的神仙。所以道教成仙的哲學基礎就在於“玄”字。
印度佛教在漢代傳入中國，其基本思想是精神不朽、生死輪回、因果報應。但與中國本土文化相沖突，佛教在中國形成需要壹個中國的過程。魏晉時期，佛教的中國化表現為玄學，以滿足士紳的需要，誘導民眾安於現狀，以安於現狀而統治。南北朝時期，佛教取代玄學成為主導思想。中國佛教的因果報應、輪回、天堂和地獄等。，勸人善良，引誘人追求來世入佛門極樂世界，在民間廣為流傳。但從佛教哲學理論來看，都是建立在具有神仙精神的玄學基礎上的。東晉時期的慧遠(公元334 ~ 416)是極力維護神不滅論的典型代表，認為形可聚散，神無形可永存。他說:“火是薪傳的，神是形傳的。火的傳播不壹樣，神的傳播也不壹樣。”這裏的火據說是壹種神秘的東西，沒有物體也能永生。人的精神如火，人的肉體如薪。薪水燒了，變成灰燼，但火從薪水蔓延到薪水，永不熄滅。同樣，當人的肉體死亡時，精神也從前壹個肉體傳到後壹個肉體，它永遠不會死亡。這種長生論也是建立在“玄”這個既玄奧又神秘的字上。南宋的何承天等人(公元420-479年)和南朝齊梁的範鎮(公元479-557年)對神仙說進行了批駁。特別是範真的《神滅論》，深刻闡述了形神關系中的樸素唯物主義，把無神論提高到了壹個新的高度。