在肯定宋應星在科技研究工作中的特點即優點的同時，也應該指出，由於歷史條件和科學水平的限制以及個人認識上的不足，《天工開物》的內容也存在這樣那樣的缺點和錯誤。例如，他不知道先秦古籍中出現的“麻”就是俗稱火麻的大麻，卻推測為“其種已滅”等等。見於《尚書》的“桌麻”，古代泛指麻類，他卻又臆斷為是後來的棉花。又如，說“江南麥花夜發，江北麥花晝發”；說礦區耕墾後鐵礦會“逐日生長，愈用不窮”，這都不符合事實。至於說珍珠是在蚌腹內“映月成胎”而成，寶玉是“映月精光而生”，死人嘴裏含著上等珍珠屍體就不會腐爛，等等，更是明顯的錯誤。書中繪圖也有不夠準確的地方。不過，對於全書來說，這些不足之處是瑕不掩瑜的。總的看，《天工開物》的內容具有重大的科學價值；宋應星從事科技研究的基本途徑和基本方法是值得肯定的。