阮元壹生廣引學者，普及文化，以整理、刊刻、收藏圖書、振興學術為己任。主編《石渠寶籍》2編，所見內府秘藏書畫，遂記題跋並辨別真偽，作《石渠隨筆》，為鑒賞家所推重。撫浙時，在杭州創立“詁經精舍”，纂輯《經輯纂詁》壹書，集我國訓詁學資料之大成。又搜集圖書。藏於靈隱寺，設“靈隱書藏”。後又於鎮江設“焦山書藏”。作《杭州靈隱書藏記》、《焦山書藏記》、《焦山書藏書目》，並親自參與修訂《書藏條例》，具有近代圖書館之性質，然而仍偏重保藏。在廣州創立“學海堂”，匯刻《學海堂經解》1 400卷。刊刻有《宋本十三經註疏》。精於鑒別，工金石考證，編著《山左金石誌》、《兩浙金石誌》、《兩浙輶軒錄》、《皇清碑版錄》、《淮海英靈集》、《積古齋鐘鼎彜器款識》、《經籍纂詁》等。主修《浙江通誌》、《廣東通誌》等。家藏書極富，藏書樓名“文選樓”、“石墨書樓”、“瑯環仙館”、“積古齋”、“揅經室”、“唐宋舊經樓”、“節性齋”等。藏書印有“雷塘盫主”、“亮功錫祜”、“墨莊藏書印”、“體仁閣大學士”、“五雲多處是仙臺”、“積古齋藏研處”、“揚州阮氏瑯環仙館藏書印”、“譜研齋著書處”、“泰華雙碑之館”、“家住揚州文選樓隋曹憲故裏”、“阮氏伯元”等數十枚。晚年編《文選樓叢書》，收書30余種，大半為自著書。著《揅經室集》、《疇人傳》、《廣陵詩事》、《定香亭筆談》、《十三經校勘記》、《小滄浪筆談》等。