乾隆三十七年（1772年）正月，乾隆帝諭令全國各省官員廣泛搜集前代遺書和本朝人的著作。諭令說：‘今內府藏書，插架不為不富。然古今以來著作之手，無慮數千百家，或逸在名山，未登柱史，正宜及時采集，匯送京師，以彰千古同文之盛。其令直省督撫會同學政等，通飭所屬，加意購訪。”諭令下達後，安徽學政朱筠於十壹月提出了搜訪校錄書籍的四條建議：壹是抓緊搜集罕見的舊刻本和抄本；二是充分利用皇家藏書，公布內廷藏書目錄，並組織人員從內廷收藏的殘本《永樂大典》中輯錄佚書；三是著錄與校勘並重；四是對於金石、圖譜，也要留心搜集。朱筠的建議引起了乾隆帝的重視，交軍機大臣討論後決定：選派翰林官員開館編輯自《永樂大典》中輯出的佚書與各省采進的書籍，成書後總名《四庫全書》。
《四庫全書》《四庫全書》在乾隆三十八年（1773年）二月正式開館，館址設在北京東安門外的翰林院。四庫全書館設有正、副總裁，總纂官、總閱官、總校官、纂修官，以及提調官、監督官、監造官等。在前後九年時間裏，正式任命的纂修官員先後***計360人，此外還征用了大量的抄寫人員和勤雜人員，四庫全書館裏聚集了全國最有名望的專家學者，人才濟濟，極壹時之盛。其中最為著名的有紀昀、戴震等人。
紀昀是直隸獻縣人，才思敏捷，學問淵通，自開館即充任總纂官，與修書活動相始終，對《四庫全書》的編纂工作出力最多。全書的體例、分類和各種類中書籍的排列次序等都是由紀昀壹手確定。他把壹生精力備註於《四庫提要》及《目錄》之中，“凡六經傳註之得失，諸史之異同，子集之支分派別，罔不抉奧提綱，溯源徹委”，編成《四庫全書總目》二百卷，成為目錄學史上總結性的著作。由於他在編纂《四庫全書》工作中做出的巨大貢獻和表現出的卓越才華，紀昀被人稱作“壹代文宗”。
充任纂修官的戴震是極負盛名的漢學大師，皖派領袖，以舉人身份而蒙特召人館，負責輯校《永樂大典》中的佚書和校勘古籍。他的學問根基深厚，館中其他人遇有疑難，經常向他求教，戴震在館數年，晨夕披檢，靡間寒暑，輯出久已亡佚不傳的《算經五書》，並且校訂整理了《水經註》、《儀禮集釋》等大量古籍，為《四庫全書》的修纂做出了突出的貢獻。由於積勞成疾，戴震於乾隆四十二年（1777年）於館中逝世。
為了編纂《四庫全書》，清廷進行了大規模的征集圖書的工作。自乾隆三十七年至四十三年（1772年至1778年），乾隆帝多次下詔訪求圖書，自各地征集到的圖書總數達13000多種，其中有許多是舉世罕見的珍本秘籍。這些書籍大部分征自文化特別發達的浙江地區，當地的壹些著名藏書家，如揚州馬裕、寧波範懋柱等人，進獻圖書都在六百種以上。這樣壹次規模空前的征集圖書活動為《四庫全書》的纂修提供了豐富的基礎材料。
在征集到的大量圖書中，包括壹部分不利於清朝統治者的文字，特別是明清之際的壹些野史稗乘，頗多“違礙悖逆”之詞。乾隆帝征集圖書，修纂《四庫全書》，目的在於鞏固其統治，對這些不利於其統治的書籍當然不會等閑視之，因而在乾隆三十九年（1774年）八月，就諭令四庫館和各省官員，壹定要趁此征書之機，大力查禁壹切違礙圖書，盡數銷毀。其時文字獄正盛，各處官員對禁書之令不敢怠慢，於是在征書的同時，又大肆收繳禁書，經過十幾年的時間，查繳禁書竟達3000多種，15萬多部，而且查禁的範圍不但包括明末清初的稗官野史，還包括許多學士文人的文集、筆記、奏疏以及劇作曲本，甚至壹些宋、元時代有關抗擊遼、金、元兵的作品也遭到毀禁。在編纂《四庫全書》的過程中，還根據乾隆帝的指示，對許多古籍中壹些“違礙”的章節、段落和字句進行了削刪竄改，使得壹些珍貴典籍面目全非。
經過近十年的努力，第壹份《四庫全書》於乾隆四十六年（1781年）十二月正式修成。這部巨大的叢書集古今圖書3500多種，***計79000余卷，內容包羅萬象。全書分經、史、子、集四部，部下分類，***四十四類，其中十五類下又分為六十五屬。其基本分類為經部，易類、書類、詩類、禮類、春秋類、孝經類、五經總義類、四書類、樂類、小學類，***十類；史部，正史類、編年類、紀事本末類、別史類、雜史類、詔令奏議類、傳記類、史鈔類、載記類、時令類、地理類、職官類、政書類、目錄類、史評類，***十五類；子部，儒家類、兵家類、法家類、農家類、醫家類、天文算法類、術數類、藝術類、譜錄類、雜家類、類書類、小說家類、釋家類、道家類，***十四類；集部，楚辭類、別集類、總集類、詩文評類、詞曲類、***五類。所收書籍不但包括壹般著述，還包括壹部分叢書以及如《冊府元龜》和《佩文韻府》這類的巨型類書和工具書。《四庫全書》“以萬千之遺書而匯為壹團，以多數之簡冊而勒成壹部，不惟齊整，易於保存，且完備，易於尋覓。吾國先人之寶籍得賴以不墜者，亦斯役之力也。”
在編纂過程中，《四庫全書》的編者為收入全書和未收而存目的書籍***10200余種撰寫了提要。每篇提要都開列書名、卷數、采進來歷，考證作者名號經歷，介紹書籍的性質與內容大要，評論其得失利弊，說明其流播與影響。這些提要由紀昀編排統稿，按《四庫全書》的部類次序編輯成書，即所謂《四庫全書總目》。由於各書提要均出自淵深學者之手，概括明晰又常有獨到見解，再配合以《四庫全書》嚴密精致的分類框架，所收書目又數量宏大，這部《四庫全書總目》因而成為我國目錄學中最高成就之作，對後世的學術影響巨大。《四庫全書總目》二百卷，最初於乾隆六十年（1795年）由內廷刊刻，後來民間依殿本翻刻，得在全國廣泛流傳。
《四庫全書》卷帙浩繁，沒有刊印本，編成後僅抄寫了七份，各裝訂成三萬六千多冊，分別A於北京大內文淵閣，圓明園文源閣、承德避暑山莊文津閣、沈陽故宮文溯閣和揚州文匯閣、鎮江文宗閣、杭州文瀾閣。抄成後又多次重校、補校。後來由於戰亂，文源閣本、文匯閣本和文宗閣本都蕩然無存；文瀾閣本毀損過半後補抄完整，與文淵閣本，文津閣棧、文溯閣本現在分別珍藏在杭州、臺北、北京和甘肅蘭州。