《醫部全錄》***520卷，約950萬言。 為醫經註釋。
內容包括對《靈樞》、《素問》、《難經》三部經典的註釋。其中
對《靈樞》的註釋，采用了明代馬元臺全文註釋的《黃帝內經靈樞註證發微》，清代張誌聰註解的《黃帝內經靈樞集註》兩家註文；
對《素問》的註釋，則采納了唐代王冰重新編次並註釋的《黃帝內經素問》，明代馬元臺註釋的《黃帝內經素問註證發微》，清代張誌聰註釋的《黃帝內經素問集註》三家之註；
對《難經》的註釋，僅取元代滑伯仁註釋的《難經本義》壹家註文。諸家註釋辭達理明，析其精微，探其隱賾，鉤其玄要，辨疑正誤，頗得岐黃越人之旨趣。 為脈法、外診法、臟腑身形等內容。
其中“脈法”和“外診法”，摘取了30余種醫學書籍中有關四診的論述。望、聞、問、切四診合參，臨床診斷疾病要結合患者的不同年齡、性別、體型、稟賦、動靜等情況；望診、切診要因時、因地、因人而宜。詞簡意明，描述生動，辨析精詳，切合實用。對“臟腑身形”內容，***博采了50多種重要醫學名著的有關資料，詳細載述了臟腑學說、經絡學說，運氣理論、身形理論，詳細闡發了中醫基礎理論的精華內容。 為臨床各科疾病的證治。其中
“諸疾”為內科常見病證，收輯了古代醫書中有關52種內科常見疾病證治的資料，壹壹做了論述。
外科部分，多取材於元代竇漢卿的《瘡瘍經驗全書》、元代齊德之的《外科精義》、明代王肯堂的《瘍醫證治準繩》、陳實功的《外科正宗》、樓英的《醫學綱目》等書內容。列癰疽疔毒、附骨流註、遊風丹毒、癘瘍癜風、浸淫疥癬等11門；
婦科部分，所輯錄的文獻資料，多取材於婦科名著，以月經、子嗣、胎前、臨產、產後、崩漏等分門別類，詳盡論述；
兒科部分，內容最為豐富，用100卷之多，分兩大部分詳細地作了載述，前半部對小兒壹般常見病證列52門，分別進行闡釋，包括胎養、初生護養、診斷以及各種疾病的治療；後半部痘疹專論，詳盡地敘述了中醫對天花、麻疹的治療經驗。在其所選載的文獻資料，有壹部分錄自現已少見的古代兒科著作。 設總論、列傳、藝文、紀事、雜錄、外編等內容。
“總論”從《易經》、《周禮》及《靈樞》、《素問》等經典著作中摘錄了某些有關醫學的概論性資料；“醫界名流列傳”收輯了清初以前歷代著名醫學家的傳記壹千多例；
“藝文”是歷代醫藥書籍中有研究價值的序和壹些醫學家的詩文；
“紀事”是歷史書、筆記中有關中國傳統醫藥的記事；
“雜論”是有關書籍中記載的醫學事跡和寓言故事；
“外編”是非醫學書籍中所記載的有關醫學傳說等內容。
《古今圖書集成·醫部全錄》輯錄了從春秋戰國到清朝初期的醫學著作百余種，分門別類歸納集成。其結構嚴謹，層次分明，載述有據，論理精詳。此書對於醫籍整理和醫學整部著述的集成，在中醫學術的發展上起到了積極的作用，有醫學百科全書之稱。