包山禪寺位於林屋洞西北的包山塢中，據史誌資料記載，該寺初創於南朝之初，初名福願寺，梁大同二年（536）正式建寺。唐上元九年，唐高宗李治賜該寺名為“顯慶禪寺”；因西山四面為水所包，俗稱包山，該寺又是山上第壹大寺，唐肅宗李亨又賜名為包山寺，所在的山塢亦得名為包山塢，名稱壹直沿用至今。自唐朝至清朝，包山寺代稱江南名剎，高僧輩出，寺院亦經歷了多次興廢。解放初包山寺曾被列為江蘇省重點文物保護單位，“文化大革命”時寺院被毀，1995年開始重建，至1999年秋基本建成，10月23日正式開光。
清順治年間，包山寺住持山曉和尚，應詔進京主持董鄂妃喪禮的佛寺活動，受到順治皇帝的賞識，得賜禦筆“敬佛”二字，成為鎮寺之寶，現在石公山上禦墨亭中的“敬佛”碑，即為光緒年間依真臨摩而刻。1937年抗日戰爭爆發，為避免蘇州圖書館的四十多箱珍貴古籍被日寇所奪，將其移藏於包山寺滿月閣，住持聞達上人不畏艱險，歷時八年，終使文物得以保全，受到了民國江蘇省政府、省教育廳的嘉獎。寺中源於明萬歷年間的木刻方冊本大藏經，世稱萬歷藏、嘉興藏、徑山藏，是目前最為完整且國內僅存的兩部之壹，十分珍貴，在“文革”的1970年8月14日因拆毀藏經樓寺當時的省革命委員會政工組下令移交南京博物院保存，***計340函、2586冊，還有其他佛經1300多冊，現保存在南京博物院。（見李嘉球《西山》，古吳軒出版社，1998年版）但這壹產權為蘇州佛教界的佛教典籍，仍未歸還包山寺。