中宮太上真人，金闕老君所治。下宮九天真皇，三天真王所治。”這些不同派別的不同解釋，雖有差異，但都促成了“三清尊神”的最終定型。唐《老君聖紀》稱：“此即玉清境元始天尊，位在三十五天之上也，”“此即上清境太上大道君，位在三十四天之上也，”“太清境太極宮即太上老君，位在三十三天之上也。”南宋金允中在探討與總結以上三清、三寶、三洞之間的關系後，認為：“三尊之號在經中只稱元始天尊、太上道君、太上老君；其別號則曰天寶君、靈寶君、神寶君；以三境之名而稱之則曰玉清、上清、太清；以三洞之書而名之則曰洞真、洞玄、洞神。”在“三清尊神”中，以太上老君出現最早。東漢末五鬥米道成立時，即以太上老君為至高神。至東晉上清、靈寶派出，其《上清》、《靈寶》經中，始相繼出現元始天王、元始天尊、太上玉晨大道君、太上大道君等新的至高神。鑒於各派新出現眾多神靈，梁陶弘景《真靈位業圖》，企圖予以系統化，其中“三清尊神”的雛形已基本確立。在此前後，諸書在言及三清尊神時，又有種種不同說法。如說：“道不可無師尊，教不可無宗主，故老君師太上玉晨大道君焉，大道君即元始天尊之弟子也。”“說經教主元始天尊，抱送玉帝道君（靈寶）天尊，流演聖教降生（道德）天尊”。“元始乃道中之祖為靈寶祖師，道君乃法中之祖為宗師，老君乃教中之祖為真師。”若從它們出現之先後為序，先為“老君”，次為“元始”，後為“道君”。
此外，五代閩主供奉“三清”為寶皇大帝、天尊、老君。元始天尊居“三清尊神”之首，在宮觀“三清殿”裏居中。其名最早為元始天王，晉葛洪《枕中書》雲：“昔二儀未分，溟涬鴻蒙，未有成形，天地日月未具，狀如雞子，混沌玄黃，已有盤古真人，天地之精，自號元始天王。”雖然道書中有將元始天王與元始天尊當作兩位尊神，但正如宋代道士寧全真所說，元始天尊者“故稱雲元始天王者是也”。《雲笈七簽》卷壹百壹，撰列諸尊神傳紀，亦首列《元始天王紀》，可見宋時已當作壹位尊神了。
南朝梁陶弘景撰《真靈位業圖》，***分七個神階，元始天尊列為第壹神階的中位，《隋書·經籍誌》也載：“道經者雲：有元始天尊，生於太元之先，稟自然之氣，沖虛凝遠，莫知其極。”道書認為：“玉清元始天尊也，本玄壹之氣，凝結至高曰天，上有主宰謂之帝，道居帝之先，故為元始。”唐末道士杜光庭於廣明二年（881）進《三界混元圖》於朝，其中敘曰“天尊者極道之宗元，挺生自然，消則為氣，息則為形，不無不有，非色非空，不終不始，永存綿綿。居上境為萬天之元，居中境為萬化之根，居下境為萬化之尊，無名可宗，強名曰天尊，蓋世人尊之如天，仰之則彌高，攀之則無階，杳杳冥冥……生萬物而不為主宰，禦萬化而不為言，至尊、至極，故曰天尊也。”《雲笈七簽》卷壹百壹《元始天王紀》雲：“元始天王稟天自然之胤，結形未沌之霞，托體虛生之胎，生乎空洞之際。時玄景未分，天光冥遠，浩漫太虛，積七千余劫，天朗氣清，二暉韁絡，玄雲紫蓋映其首，六氣之電翼其真……進登金闕，受號玉清紫虛高上元皇太上大道君……元皇位在玉清，掌括上皇高帝之真。”總之，從兩晉到南北朝時，元始天尊已逐步駕臨於太上老君之上，成為道教第壹位至高神。
靈寶天尊居“三清尊神”第二位。南北朝時《上清》《靈寶》經相繼出現太上玉晨大道君、太上大道君。梁陶弘景《真靈位業圖》列第二神階中位，名“上清高聖太上玉晨玄皇大道君”為萬道之主。《雲笈七簽》卷壹百壹的《太上道君紀》《上清高聖太上玉晨大道君紀》所記略同，但又稍有差異。
據《靈寶略紀》稱：“太上大道君以開皇元年托胎於西方綠那玉國，寄孕於洪氏之胞，凝神瓊胎之府三千七百年，降誕於其國郁察山浮羅之嶽丹玄之阿側，名曰器度字上開元，及其長乃啟悟道真，期心高道，坐於枯桑之下，精思百日。而元始天尊下降，授道君靈寶大乘之法十部妙經。……元始乃與道君遊履十方，宣布法緣，既畢，然後以法委付道君，則賜道君太上之號，道君即為廣宣經箓，傳乎萬世。”又據《洞淵集》稱：“玉晨道君者，乃大道之化身也。言其有不可以隨迎，謂其無復存乎恍惚，所以不有而有，不無而無，視之無象，聽之無聲，於妙有妙無之間大道存焉。道君即審道之本，洞道之元，為道之氣，即師事元始天尊，稱受道弟子焉。猶是老君稟而師之矣！居上清真境禹余天中，降金科寶箓、三洞仙經，付經師郁羅翹真人，傳教於萬國焉！”上清、靈寶派新造作的太上道君，依然以“道”為根，體現了道教以“道”為最高信仰的思想。後之靈寶天尊即由太上大道君衍化而來。