蕭芹其人不但在《明史》內有著大量記載，而且在馮夢龍的小說《喻世明言》中也有不少描寫。
嘉靖三年（1524）和嘉靖十二年（1533），大同軍鎮發生了兩次震驚朝野的兵變，在叛軍殺戮與官軍鎮壓的反復交替中，大同軍鎮屍橫遍地，人心惶惶，不少人為了避難，選擇了逃亡到相鄰的豐州川等地，投靠到蒙古韃靼部落中謀生。
蕭芹是大同軍鎮較早投靠蒙古韃靼部俺答汗的壹個頭面人物，嘉靖三十年（1551）五月初，俺答率軍“行至十字莊西溝，逢蕭芹、丘富、呂明鎮、閻倉等。芹，故左衛人，夙習白蓮教黨，與幾百人並亡於虜。”（《萬歷武功錄》）
明
朝中期，全國各地發展起大批的白蓮教組織，大同地區的白蓮教徒至少有1萬多人。明隆慶五年（1571）蒙古俺答汗向明王朝遞交的表冊中，記載嘉靖末年
（1566）“大小板升漢人可五萬余人，其間白蓮教壹萬余人，夷二千余人。”（《萬歷武功錄》），這些白蓮教徒絕大部分是大同軍鎮逃亡到板升地區的，蕭芹
則曾是大同地區壹個“祖師”級別的白蓮教頭目，發展有數百個白蓮教信徒，在白蓮教內較有號召力。叛逃到豐州川的蕭芹，很快被俺答汗任用為板升地區的漢人頭
領。
叛逃到蒙古部落的蕭芹，隨即帶領著蒙古騎兵去進攻他家鄉的大同城：“當是時，蕭芹業已約張攀隆、侯天舉、孫大興為內應，期五月十三夜
半，開南關迎虜。”不巧的是，他們暗中的陰謀被山西行都司守備趙倫偵知，趙倫提前做好了準備，“是夜，提邏卒儌南關，邏卒即捕侯天舉、孫大興諸人，得腰
刀，小尖刀等及鑰匙三把，而俺答已擁大同城下鳴炮矣。城門戒嚴，遂解去。”（《萬歷武功錄》）蕭芹等白蓮教徒原打算與俺答內外勾結拿下大同城，沒想到因計劃不周泄密而出師不利，慘遭失敗。