《本草綱目》在1596年於南京出版（金陵本)，可惜這時李時珍已與世長辭。書刻印後，李時珍的次子李建之寫了《進〈本草綱目〉疏》，連同金陵本壹起進呈明神宗朱翊鈞。此後，這本備受歡迎的書不斷地被重刊，據統計目前國內約有60多種版本。其中以清代合肥張紹棠刊印的味古齋本(1885年印)為最精，它成為清末以來各版的底本。1949年以來，我國***出版了三種：商務印書館的鉛印本、人民衛生出版社的影印本，這兩本都屬於味古齋本。1980年人民衛生出版社又出版了劉衡如的校點本，它是以金陵本的第壹次重刊本——江西本為底本，參照其他古籍校點排印的。