1、田代華的整理版本是《黃帝內經素問註證直解》和《靈樞經講解與清華圖》，在內容上對《內經》進行了詳細的註解及解釋，並且通過整理與整合，將《內經》中的道醫精華與科學內涵進壹步挖掘和提煉。因此，田代華的《內經》版本在醫學內涵方面更為深入和全面。
2、王洪圖的整理版本是《黃帝內經》及其註釋，以明代萬備註為基礎，對《內經》中的篇目、條目、句子等做了分類、整理與註釋，並加以校勘。因此，王洪圖的版本更註重對古籍原貌的還原和闡釋，對《內經》的經驗和理論進行了全面的、生動的闡述，使用較為廣泛。
田代華和王洪圖的《內經》整理版本都有其獨特的優點，無法簡單地評判哪個更好，應該根據個人需求和閱讀目的來選擇哪個文本版本。