吉林大學“考古學及博物館學”學科的主要研究方向有東北考古及東北亞考古、田野考古及考古學方法、考古人類學、西亞考古及計算機考古。
東北考古及東北亞考古領域是該學科最具特色的主要研究方向。
該學科在東北考古研究方面的綜合實力居國內高校同類專業之首，在該課題的研究上已達到國際先進水平。主要研究領域包括：東北地區舊石器時代考古、新石器時代考古、青銅時代考古、鮮卑考古、高句麗、渤海考古、遼金考古、日本考古、朝鮮考古、西伯利亞和俄羅斯遠東考古等。
田野考古學及考古學方法論也是該學科的壹個優勢研究方向。20多年來，先後在10余個省、市、自治區開展了許多項重要的考古發掘工作，取得了不少重要的收獲，受到國內外學術界的普遍關註。近年來，該學科同美國、以色列等國的學者在內蒙古赤峰地區進行的合作研究中，運用航片、衛片和全球衛星定位儀（GPS）、全站儀等設備進行考古調查，並將調查資料輸入到計算機中，使用地理信息系統（GIS）軟件進行分析，便是該方面的有益嘗試。
考古人類學是該學科的壹個優勢研究方向。該學科先後應國家文物局和國內十幾個省、市、自治區考古科研部門的邀請前去做了數十項考古人類學鑒定，同時與日本、俄羅斯科及美國威奇塔大學等單位的同行學者展開了廣泛的學術交流與合作。去年，該學科又同吉林大學生命科學學院合作，***同組建了吉林大學考古DNA實驗室，這是目前國內研究該課題的第壹個專業實驗室。
西亞考古也是該學科的研究特色之壹，尤其是在美索不達米亞史前考古方面，該學科的研究實力目前居國內領先地位。計算機技術在考古學中的應用也是該學科具有特色的優勢研究方向之壹，在國內同類研究領域中名列前茅，先後承擔了兩項國家文物局的地上、地下文物保護數據庫的設計和制作任務。
目前，該學科師資力量比較雄厚，人員配置較為合理，***有專業教師21人，其中教授8人（含博士生導師4人）、副教授7人、講師6人，學術梯隊建設較為完善。這裏面，既有張忠培教授、林沄教授等國內外著名學者作為老壹輩的學術帶頭人，又有壹大批在國內外學術界有壹定影響的中年學者作為梯隊的中堅力量，更有許多嶄露頭角的青年教師作為後備力量。
1996年至1998年期間，該學科獲得過國家社會科學基金項目、國家自然科學基金項目、教育部博士點基金項目、國務院古籍整理委員會項目、國家文物局橫向項目、重慶市文物局三峽考古橫向項目、湖北省文化廳三峽考古橫向項目、吉林大學笹川良壹基金項目等科研項目，總計獲得科研經費277萬元，人均約14萬元。在科研成果方面，1995年發表論文18篇，出版專著2部；1996年發表論文40篇，出版專著2部；1997年發表論文49篇，出版專著1部；1998年發表論文57篇，出版專著2部、學術論文集2部。總計4年內出版學術專著7部、論文集2部，發表學術論文164篇，人均約8．2篇，其中獲國家級優秀科研成果獎1項，省部級優秀科研成果獎6項。