《四庫全書》分經、史、子、集四部分、，又稱“四庫”。部下有類，類下有屬。全書***4部44類66屬。經部收錄儒家“十三經”及相關著作；史部收錄史書；子部收錄諸子百家著作和類書；集部收錄詩文詞總集和專集等。《四庫全書》的分類法是中國古代最具代表性的圖書分類法之壹。
經部：《易經》、《尚書》、《詩經》、《周禮》、《儀禮》、《禮記》、《大學》、《中庸》、《孟子》、《論語》、《孝經》、《爾雅》、《春秋左傳》、《春秋公羊傳》、《春秋谷梁傳》。
史部：《國語》、《史記》、《漢書》、《晉書》、《宋書》、《梁書》、《陳書》、《魏書》、《周書》、《隋書》、《南史》、《北史》、《宋史》、《遼史》、《金史》、《元史》、《明史》、《史通》、《戰國策》、《後漢書》、《三國誌》、《南齊書》、《北齊書》、《舊唐書》、《新唐書》、《列女傳》、《越絕書》、《水經註》、《島夷誌略》、《舊五代史》、《新五代史》、《吳越春秋》、《風俗通義》、《華陽國誌》、《建康實錄》、《貞觀政要》、《資治通鑒》、《天工開物》、《東周列國誌》。
子部：儒家：《荀子》、《說苑》、《帝範》、《政訓》、《潛書》、《新序》、《鹽鐵論》、《潛夫論》、《近思錄》、《郁離子》、《傳習錄》、《呻吟語》、《孔子家語》、《溫公家範》、《袁氏世範》。兵家：《孫子兵法》、《吳子》、《司馬法》、《尉繚子》、《孫臏兵法》、《六韜》、《三略》、《握奇經》、《素書》、《將苑》、《李衛公問對》、《虎鈐經》、《守城錄》、《練兵實紀》、《紀效新書》、《何博士備論》。法家：《管子》、《商君書》、《韓非子》、農家：《齊民要術》、《農桑輯要》。醫家：《黃帝內經》、《神農本草經》、《黃帝八十壹難經》、《洗冤集錄》。數理天文類：《周髀算經》。
集部：《楚辭》、《詩品》、《曲品》、《南戲》、《花間集》、《柳永詞》、《晏殊詞》、《東坡詞》、《秦觀詞》、《放翁詞》、《姜夔詞》。