光緒三十二年（1906年），時任兩江總督的端方上書光緒皇帝，請求允許“南洋各島及檀香山、舊金山等處僑民”回南京讀書，以“宏教澤而系僑情”。經過籌備，校址被選在南京薛家巷妙相庵。該處地居南京城中央，鼓樓之南，唱經樓之北，西北緊鄰金陵大學。
1907年3月23日，暨南學堂正式開學。首批學生21人，全部是爪哇歸國的僑生，原籍大部分為廣東。
1907年8月28日，巴達維亞中華會館董事潘立齋、梁映堂又護送10名僑生到達南京學習。
1908年5月，南洋各島第三批46名僑生抵達南京。
早期的暨南學子年齡壹般在十三四歲，遠離家鄉和父母，遠涉重洋，負笈祖國，年齡幼小，生活自理能力不足，加之來到語言習慣和生活環境相當陌生的地方，普遍會難以適應。因此，學堂采取“家庭學校制”，所有設備，均仿家庭之布置，管理學生，亦按各生之習慣，視其不良者，矯正之。兩江總督端方對僑生多方照顧，極為優待，規定僑生除了自備衣物和零用錢外，學費和食宿費壹概豁免。每年另外發放冬夏兩季制服。學堂還為僑生免費醫病。
1911年10月，武昌首義，各省紛紛響應。駐守南京的張勛領著“辮子軍”攻進南京城後，曾運來大炮對著暨南學堂。學堂趕緊把學生送到上海避難，大部分僑生返回南洋，小部分參加了革命軍，而暨南學堂也因此停辦。民國初年，袁世凱竊據大總統寶座，由於懼怕革命黨威脅其政權，擔心“暨南都是些革命黨”，因而對暨南復辦壹事態度消極。導致當時的大多數華僑青年或失學海外，或滯留內地，或流離失所。
時教育界的知名人士和海外華僑強烈要求政府盡快恢復暨南學堂。不但暨南的僑生發出復校的要求，就連任職於交通部航政司的司長雪蘭莪和華僑代表葉兆菘等人也於1912年聯名具呈教育總長，他們認為，光緒末年開辦的暨南學堂功不可沒，“自丁未南京有暨南之設，僑情始與內地相洽，迄今五年，而荷政府之對待我僑民者與昔遂異：昔之不準立小學者今亦聽我立小學矣；昔之不準設中學者，今且聽我立中學矣。”
1917年，戰事稍停。11月1日，教育部終於批準恢復暨南學堂，並委派江蘇教育司司長黃炎培為籌辦員。 1918年3月1日，暨南學校補習科正式開課。學校正式更名為“國立暨南學校”。
1918年5月，學校研究後決定變通章程，並呈報北洋政府教育部：“凡國內高等小學畢業，其父兄或保護人現在南洋經營商業者，又師範科華僑學生有缺額，而國內學生有赴南洋為教師之誌願，且具有相當資格者，均得適用入學手續，準予入學試驗。” 1923年，為了適應學生的增多，並創建大學部，暨南學校從南京遷到上海的真如。
1927年6月，在趙正平和姜琦之後，鄭洪年繼任暨南校長。擔任暨南學校校長後，鄭洪年力主將商科改為商學院，並在此基礎上增加農學院、文哲學院、自然科學院、社會科學院和藝術院五門，將暨南學校擴充為當時唯壹的華僑大學——國立暨南大學。
1938年，暨南大學遷到上海公***租界。
1941年12月8日，太平洋戰爭爆發，上海租界為日本軍占領，暨南大學又播遷到福建建陽。
1945年8月，抗戰終於勝利。暨南大學開始著手遷回上海的事宜。何炳松慘淡經營，嘔心瀝血，都要找到合適的校址了，卻被壹紙調令發到國立英士大學當校長。他曾給學生阮毅成發過電報，稱“不得已力疾拜命”，準備鞠躬盡瘁了。但因長期勞累過度，1946年7月病逝於上海，時年56歲。暨南大學復員回滬後，受內戰影響，僑生比例非常低。
1949年，暨南大學只有20余名教職員和40余名學生追隨時任校長的李壽雍去臺灣。
1949年6月，暨大被接管。7月12日，暨大教授陳炳相向軍管會要求取消人類學系，理由為人類學所教內容“為反動課程”，學生人數極少，且“多要轉系”。8月20日，上海市軍事管制委員會發表軍教字第壹號命令，將暨南大學恢復為華僑高級學府，原有文、法、商及理學院分別並入復旦及交通大學，地理學系並入南京大學（前身為中央大學），人類學系並入浙江大學。暨南大學暫時停辦。 1958年，在時任廣東省委第壹書記的陶鑄大力扶持下，暨南大學得以重建。陶鑄擔任了重建後的第壹任校長。
1966年，“文革”開始，暨南大學停止招生，但學校裏還有1000多人。
1970年1月，林彪想把第壹軍醫大學搬到廣州，取代暨南大學，就口頭上稱國務院同意將“房子已經空起來”的暨南大學轉交給軍方。2月，口頭通知暨南大學革委會，宣布撤銷暨南大學，並在2月12日確定了搬遷計劃。5天後，《關於撤銷暨南大學的請示報告》才被起草。到3月5日，廣東省革委會才正式下發撤銷暨南大學的通知。
1978年，暨南大學再度復辦。
1979年，學校開始招收和培養研究生。
1996年6月，暨南大學成為全國面向21世紀重點建設的大學（211工程）。
2007年，在教育部組織的本科教學工作水平評估中，被評為優秀。
2011年國務院僑辦、教育部、廣東省人民政府三方簽訂了部部省***建暨大協議；
2011年，研究生院掛牌成立；番禺大學城新校區獲國家發改委批復；獲批“985工程優勢學科創新平臺”。
2012年，番禺新校區正式奠基 。
2015年，入選廣東省高水平大學重點建設高校。