忍術的理論基礎是由中國傳來日本的孫子兵法而來，之後再加上修練道，以及在山中的伏擊技巧發展而成。在平安時代時，由於武士階級興起，在山中伏擊的兵法就由武士去發展。在源平時代，學會在山中伏擊的源義經成功的使用了山中伏擊的技巧，完成了攻擊面戰法的理論。在南北朝時代，楠木正成發展出防禦面的兵法，在此同時，忍術跟武術才分開成不同的系統。
隨著科學技術的進步，忍術逐漸失傳。據傳說，忍術的老祖宗是我國的《孫子兵法》，這就有待歷史學家們考證了。
在戰亂的戰國時代，大名們需要大量的刺探敵軍情報和對敵人城市開展破壞活動，所以忍術在這壹時代出現了飛躍性的發展。忍術發達的地區有以下幾處：武藏、甲斐、越後、信濃、伊賀、甲賀、紀伊等地區，其中伊賀、甲賀的忍術在日本是最為發達的。伊賀與甲賀離京都很近，地勢都屬於重山險阻圍繞的封閉小盆地。雖然貧瘠，但是在戰略上的位置卻是十分的重要：因為它們靠近日本的中央近畿地帶。在戰國時代在伊賀與甲賀的彈丸之地上先後崛起了六十多家土豪。地盤雖小，這裏的競爭卻是是超乎外人想象的激烈。土豪們彼此虛情假意的結盟，暗中互相刺探壹旦抓住機會就予以對手無情的打擊。這兩塊充滿了殘忍、狡詐的血腥山地逐漸演化成忍術發展的大本營。伊賀跟甲賀對忍者事業的最大貢獻就是對忍術的理論基礎和技能作出了系統化，編出了壹本忍者的修煉寶典——《萬川集海》。雖然流派不同，忍者們修練的經典都是《萬川集海》這本書，這本書的內容就是教導忍者如何施行忍術的壹切理論基礎與技能指導。在德川家族第四代將軍德川家綱時代的延寶4年（1676年），甲賀[的隱士藤林保武結合中國和日本歷代名將的思想與武學精華，參照《六韜》和《孫子兵法》的內容寫成了集忍道、忍術、忍器於壹體的忍者究極修行指南。[並參照中國古籍《文選·左思·吳都賦》中的“百川派別，歸海而匯”思想，將]書命名為《萬川集海》。正如書名所示《萬川集海》就是海納百川取各流派精髓的意思。萬川集海》]由正心、將知、陰忍、陽忍、天時、忍器六部分組成。此書成為了後來忍者修行的必讀教材。《六韜》和《孫子兵法》是對《萬川集海》及忍術整體發展影響較深的兩部古代著作，由此也可以看出，這些中國古代的軍事武學思想為以後日本忍術的發展壯大奠定了充實的理論基礎，這是忍術最早的確源於中國的明證，可以說《萬川集海》是日本人學習中國古代軍事精華和密術玄學修煉之道後的概括總結。
忍者的修煉
平衡訓練
首先從走竹竿開始，至能立於滾圓竹竿上而不滑倒；將竹竿升離地面三尺左右，繼續走竹竿，練到行動自如；繼續增高竹竿高度，直至三四十尺高度民主，至此身不畏高，翻騰跳紮，如履平地。具備這樣的平衡能力後，才能在屋頂、墻頭及樹木上行走如飛。
靈敏訓練
訓練從幼年開始，多進行靈敏素質專項訓練，如跳過插滿刀片的繩子，訓練後期做危險障礙跑，跑步途中布滿許多危險的障礙物，身法稍有不靈或反映略有不敏，即受障礙物致傷。因此，忍術的靈敏要求十分嚴格。
持久力訓練：忍術的持久力訓練分靜、動兩種練法。靜練法：雙手掛於樹上，支持全身，地上則放滿暗器，要求練者決不能松手跳下來，動練法，采用基本的長跑功夫，要有跑五六千裏的耐力。壹個優秀的忍術高手，加上跳躍，可以每日跑壹百五十多裏。
力量訓練
忍術的力量訓練力求最大限度的發揮人體的力量，采用的訓練方法很多，這裏不再列舉。
特殊技巧訓練
忍術武技中的特殊技巧訓練有多種：諸如潛水屏氣、徒手搏鬥、劍道、暗器、化裝術、藥物術、施毒解毒術、聽力嗅覺訓練。。。且要有高水平的忍饑耐渴的野外生存能力。
忍術武技要求忍者在劍術、箭術、馬術、柔術、腳功、身體平衡、放毒鏢等方面必須有壹流的水平。但要求最高的武技還是聞名的隱身飛遁之術。隱術，其實並無真正的隱身之術，只是訓練到手腳異常靈敏，縱跳奔跑能力很強，在人未發現他時，忍者便已壹縱即逝了。這項在中國武技中冠以飛檐走壁稱之，實是靠長期的跳、抓、登、越功夫才練出來的。由於忍術高手詭秘的行動，隱匿的行蹤，人們又稱忍術為“鬼術”、“無形術”。
除飛行隱身外，發放暗器亦為忍術武技之壹絕。忍術暗器多為毒鏢及銅幣（邊峰開刃），也有劍、鉤、鑿等。忍術暗器應用較多，擲發淬毒的銅幣是每個忍術高手的絕活。
與“飛行術”“發暗器”並稱“忍術三絕”的還有“施毒解毒術”。忍術高手個個都精於此道。據載，忍術所用毒藥是從礦物和動植物中提煉出來的，藥力之強，足以致人死命；僅少許藥量也足使人昏昏欲睡、癱瘓或大笑不止。忍術的投毒手段很多也很隱秘，匕首、飛鏢及箭的尖端蘸有毒藥用於暗殺；食物或飲料中摻入毒藥以謀殺；使用各種有毒物品如有毒的鮮花等。忍術的解毒術通用解藥，是用草藥和藥酒等調制而成。
被視作“殺人之術”的忍術長期以來僅為忍者組織專習，用以專事刺探情報，暗殺政敵等活動。在日本德川幕府與中國唐朝時代，間諜反間諜活動的盛行，無意也是各種忍者組織的大鬥法。
在社會的發展中，已使得忍術及忍者的恐怖活動遭到世人的譴責，終於被明令取締，忍術的活動由此完全轉入地下。人們也少有所知了。近年影視作品的渲染，才使得世人再次認識到了日本這壹古老而殘酷的武技之花。