清華歷史學科的核心機構是歷史系，下設有中國古代史教研室、中國近現代史教研室、世界史教研室、思想文化史教研室，以及國際漢學研究所、出土文獻研究中心、經學研究中心、中國經濟史研究中心、中國近代文化與現代化研究中心、東北亞研究中心、旅遊文化與文化遺產研究中心等專門研究機構。
圖書資料的收藏也在全國歷史系所中名列前茅，歷史系擁有面積400余平方米、藏書10萬余冊的系資料室，科技史與古文獻研究所也建有壹個頗具規模的文獻數據庫。
清華大學在歷史時期就素以圖書完備、條件優越著稱，院系調整時清華絕大部分的文科圖書資料均保留在學校。清華大圖書館和人文分管現有各類文史典籍百余萬種，其中珍貴古籍有2萬8千余種、30萬冊，外文圖書40多萬冊，電子文獻數據庫多個。