三年後《醫宗金鏡》完成，90卷，15卷。即傷寒17、金匱要略8、名醫驗方8、四診1、運氣1、傷寒3、雜病5、婦科6、兒科6、痤瘡4、預防接種1、外科6550。該書特點:圖文並茂，解說、方劑、理論壹應俱全，並配有歌曲幫助背誦。細讀有非常明顯的時代特征，適應了18世紀中國的疾病譜。比如公元17-18世紀，由於天花的危害極大，康熙、乾隆的壓力更大。因此，在太醫院的分院設置上有明顯的反思。比如將痘疹從少年科中分離出來作為分支，在醫案金鏡中也有單獨記載，尤其是將接種疫苗的方法作為壹冊。由於接種人痘疫苗的普及和推廣，天花的危害明顯降低，將太原醫院的接種和皮疹科合並回兒科。另外，對骨科學科的提升也是非常明顯的。通過《醫宗金鑒》的編撰，使中國歷代流傳下來的骨科理論和技術更加系統化，並把朝廷豐富的經驗融為壹體，使太原骨科和上元骨科合二為壹，理論和技術都得到提高。