周敦頤的著作不多，除了壹些詩文外，主要就是《太極圖說》和《通書》。《太極圖說》前半部分簡明闡述了壹個完整的宇宙觀，後半部分說明了基於這種宇宙觀的對人生的認識和修養方法，在《通書》中說的更具體壹些。都不長，可以直接去看看。
周敦頤是通過重新解釋《易經》而得到這些思想的，其最著名的就是《太極圖說》，用陰陽五行直說去重新解讀《易經》，從而為整個宇宙建立了壹個理論框架。所以，朱熹非常看重《太極圖說》親自為其做了壹篇和很長的註解。
朱子作《伊洛淵源錄》,認定周濂溪為理學開山鼻祖,不識周敦頤之學落入佛老,對他推許太過,差若毫厘,謬以千裏,對於後世儒學的危害不可小覷。理學的真正開山鼻祖是大程夫子, "吾學雖有所受,天理二字卻是自家體貼出來" ,大程夫夫子說這句話,就是要與周敦頤劃清界限。
陽明先生終身無壹言提及白沙(湛若水的老師陳白沙) ,大程子不願稱周濂溪為先生,此為儒門兩大公案,值得深思。
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周敦頤著作全集目錄：
1.通書.周敦頤.朱熹解.萬歷28年.朝鮮寫本.日本國立公文書館內閣文庫藏
2.文淵閣四庫全書·第0697冊.子部.儒家類.通書述解.上下卷.明曹瑞
3. 續修四庫全書.0934.子部.儒家類.太極圖說論十四卷.清王嗣槐撰.影印北大圖書館藏康熙三十五年刻本＆周子通書訓義壹卷.元保八撰.影印國圖藏元刻本
4. 文淵閣四庫全書.第 0697冊.子部.儒家類.含太極圖說述解.通書述解.明.曹瑞撰
5.周子全書.六卷.宋.周敦頤著.明萬歷二十四年張國璽刊本.內閣文庫藏
6.四部備要.第56冊.周子通書.宋周敦頤.榕村通書篇.清李光地
7.宋濂溪周元公先生集 宋周敦頤撰 周元公世系遺芳集5卷 出版商：周與爵 明萬歷42年（西元1614年）哈佛藏
8.點校本二十四史精裝版.宋史.三六.卷四壹五至四三〇.傳[元]脫脫等撰.中華書局2013（卷四百二十七.道學.周敦頤）
9.道國元公濂溪周夫子誌.十五卷.清.吳大鎔主修.常在編次.許魁校梓.清康熙24年.美國國會圖書館藏