青海藏醫藥文化博物館整體結構***分三層。壹、二層設有藏醫史、曼唐器械、古籍文獻、藏藥標本、天文歷算、彩繪大觀等六大展廳；負壹層建有班智達藏藝展銷精品城。各大展廳根據不同的展示內容，通過環境再現、唐卡雕塑、文物展示、高科技模擬等方式和手法，突出特點，各具風格，展示了中國藏醫藥文化博大精深的豐富內涵。