李時珍的著作尚有《奇經八脈考》、《瀕湖脈學》傳世；還有《命門考》、《瀕湖醫案》、《五臟圖論》、《三焦客難》、《天傀論》、《白花蛇傳》等，皆佚。
《本草綱目》
李時珍借用朱熹的《通鑒綱目》之名，定書名為《本草綱目》。嘉靖三十壹年（1552年），著手編寫，至明萬歷六年（1578年）三易其稿始成，前後歷時27年。
《本草綱目》凡16部、52卷，約190萬字。全書收納諸家本草所收藥物1518種，在前人基礎上增收藥物374種，合1892種，其中植物1195種；***輯錄古代藥學家和民間單方11096則；書前附藥物形態圖1100余幅。這部偉大的著作，吸收了歷代本草著作的精華，盡可能的糾正了以前的錯誤，補充了不足，並有很多重要發現和突破。是到16世紀為止中國最系統、最完整、最科學的壹部醫藥學著作。
李時珍打破了自《神農本草經》以來，沿襲了壹千多年的上、中、下三品分類法，把藥物分為水、火、土、金石、草、谷、萊、果、木、器服、蟲、鱗、介、禽、獸、人***16部，包括60類。每藥標正名為綱，綱之下列目，綱目清晰。書中還系統地記述了各種藥物的知識。包括校正、釋名、集解、正誤、修治、氣味、主治、發明、附錄、附方等項，從藥物的歷史、形態到功能、方劑等，敘述甚詳，豐富了本草學的知識。
根據馬元俊先生的研究，李時珍在植物學方面所創造的人為分類方法，是壹種按照實用與形態等相似的植物，將其歸之於各類，並按層次逐級分類的科方法。李時珍將壹千多種植物，據其經濟用途與體態、習性和內含物的不同，先把大同類物質向上歸為五部（即草、目、菜、果、谷為綱），部下又分成30類（如草部9類、木部6類、菜、果部各7類、谷5類是為目），再向下分成若幹種。不僅提示了植物之間的親緣關系，而且還統壹了許多植物的命名方法。
《本草綱目》不僅為中國藥物學的發展作出了重大貢獻，而且對世界醫藥學、植物學、動物學、礦物學、化學的發展也產生了深遠的影響。先後被譯成日、法、德、英、拉丁、俄、朝鮮等十余種文字在國外出版。書中首創了按藥物自然屬性逐級分類的綱目體系，這種分類方法是現代生物分類學的重要方法之壹，比現代植物分類學創始人林奈的《自然系統》早了壹個半世紀，被譽為“東方醫藥巨典”。2011年5月，金陵版《本草綱目》入選世界記憶名錄。
《瀕湖脈學》
李時珍感其時代的中醫脈學存有缺憾甚至謬誤繁多，便依其父李月池所著《四診發明》及歷史上其他多家脈論精華，於1564年（明嘉靖四十三年）編著成《脈訣》，即《瀕湖脈學》。
《瀕湖脈學》為李時珍晚年所著，以號命書，是為“瀕湖脈學”。《瀕湖脈學》語言簡明，論脈清澈，不但把臨床復雜脈象總結歸納成基本的27種脈象，而且還把主要內容，即脈象、相類脈鑒別、脈象主病，皆以韻文歌括形式撰述，便宜誦記，因此上其書流傳深廣，歷來受醫家推崇。《瀕湖脈學》對中醫基礎理論研究和臨床實踐具有重大的指導意義，為中醫典範之作。 露水
釋名在秋露重的時候，早晨去花草間收取。氣味甘、平、無毒。
主治：用以煎煮潤肺殺蟲的藥劑，或把治療疥癬、蟲癩的散劑調成外敷藥，可以增強療效。
①白花露：止消渴。
②百花露：能令皮膚健好。
③柏葉露、菖蒲露：每天早晨洗眼睛，能增強視力。
④韭葉露：治白癜風。每天早晨塗患處。
明水
釋名：亦稱方諸水。方諸是壹種大蚌的名字。月明之夜，捕得方諸，取其殼中貯水，清明純潔，即是方諸水。氣味甘、寒、無毒。
主治：用以洗眼，可以去霧明目，飲此水，還有安神的作用，亦去小兒煩熱。
漿水
釋名：亦名酸漿。粟米煮熟後，放在冷水裏，浸五、六天，味變酸，面上生白花，取水作藥用。但浸至敗壞，則水有害。氣味甘酸、微溫、無毒。
主治：上吐下瀉（漿水煎幹姜飲用），過食臘肉，致筋痛肚悶（漿水煎粥吃，加少量老鷹屎，效果更好），手指腫痛（漿水加鹽泡患處，水冷應換熱），臉上黑痣（每夜用熱的漿水洗臉，再用布揩紅，以白檀香磨汁塗擦），骨鯁在咽（慈石經火煆醋淬後，加焙過的陳橘紅和多年漿水腳，做成丸子，如芡子大，每次含咽壹丸）。
漿水還能調中引氣，開胃止渴，解煩去睡，調理臟腑，利小便。
臘雪
釋名：取霜法，用雞毛掃取，裝入瓶中，密封保存於陰涼處，雖成水液，歷久不壞。氣味甘、冷、無毒。
主治：臘雪用瓶密封貯存，放陰涼處，數十年也不壞。臘雪有益於菜麥，又能殺蟲蝗，用以浸五谷種，則耐旱而不生蟲，灑家具上，能驅蒼蠅，淹藏壹切水果和食品，崐可免蛀害。春歸有蟲，雪水容易腐敗，所能不能入藥。
附方：臘雪能解壹切毒。治時氣溫疫、酒後暴熱、小兒熱狂啼等。亦治黃疸，但服時須稍加熱。臘雪洗眼，能退眼紅；煎茶煮粥，可以解熱止渴；塗抹痱子有效。氣味甘、平、無毒。
主治赤白痢，腹內熱毒絞痛，下血。取幹土，水煮開三五遍，沈澱去滓，暖服壹二升。黃土又解諸藥毒。如中肉毒、合口椒毒、野菌毒等。治小兒烏紗驚風（驚風壹種，全身現烏黑色）。用黃土壹碗、陳醋壹杯，同炒。炒熱後，用布包好，熨小兒全身，直達腳下，刺破為宜。眼睛突然看不見東西。用黃土溶水中，取上面清液洗眼。肉痔腫痛。用向陽的黃土、黃連、皮硝各壹兩，調豬膽汁，同研如泥，做成棗大團丸，塞進肛門裏。過壹夜，團丸隨大便排出。用藥時，須內服烏梅黃連二味丸。跌打損傷。用黃土五升，蒸熱，分兩包輪換熨傷處。勿使包冷，但也不宜太熱，恐燙傷皮肉。此方神效，跌至氣絕欲死者，往往可以救活。蜈蚣或其他毒蟲螫傷。取黃土摻敷或用醋調土塗擦。
東壁土
釋名：古舊房屋東邊墻上的土，叫東壁土。氣味甘、濕、無毒。
主治：
①突然心痛。用陳年東壁土、枯礬各二錢，***研為末，制成密丸，艾湯沖服。 ②吐瀉煩悶，藥物中毒，中烏頭毒等。用陳年東壁土煮汁飲下。
③目中翳膜。用東壁土細末每日點膜上，以淚出為好。
④脫肛。用皂莢磨粉，和東壁土細末，炒熱，裝入布袋，趁熱熨肛門突出部。
⑤痱子癢。用東壁土幹粉末撲之。
⑥耳瘡唇瘡。用東壁土和胡粉敷上。
⑦瘰癧流水。用老茅屋廚房裏土墻上的土，研末，加輕粉調敷，半月可愈。
⑧各種惡瘡。用東壁土、大黃等分（即壹半即壹半的意思），滴水華水調勻，搽瘡上，幹了再擦。
⑨背癰。用煙熏的東壁土，加黃等分，用蜆殼粉（蜆，壹種小螺，生湖沼泥地，通稱硯子）加東壁土末塗敷。
鍛竈灰
釋名：指煆鐵爐中的灰，含有鐵的作用。氣味辛、苦、微寒、無毒。
主治：
①癥瘕結塊。蘇恭指出：治突然長起來的結塊有效。
②產後陰脫。用紫色鍛竈灰，加羊脂，充分和勻，布包好，在火上烘熱，熨患處，推納使上。
菊枕
《本草綱目》記載用懷菊花做枕，可明目。且對中風、面癱、破傷風、小孩驚風、惡風濕痹（關節炎）等都有好處。
主治：
①風熱頭痛。用菊花、石膏、川芎各三錢，***研為末。每服壹錢半，茶調下。
②膝風痛。用菊花、陳艾葉作護膝。
③病後生翳。用白菊花、蟬蛻，等分為末，每用二、三錢，加蜜少許，水煎服。
④婦女陰腫。用甘菊苗搗爛煎湯，先熏後洗。
⑤眼目昏花。用甘菊花壹斤、紅椒（去目）六兩，***研為末。加淅地黃汁和丸子，如梧子大。每服五十丸，臨睡時茶送下。