清代乾隆年間修《四庫全書總目提要》壹萬多篇提要，實際上約三分之壹的書收入《四庫全書》，三分之二的書僅僅“存目”。 當杜澤遜在琉璃廠發現《四庫存目》時，就決計以《四庫存目標註》為己任，開始了漫長的網羅資料工作。
1992年5月25日至31日，第三次全國古籍整理出版規劃會議在北京香山飯店隆重舉行。杜澤遜在會後加緊進行《四庫存目標註》的同時起草了《四庫存目標註敘例》，寄給古籍整理界壹些專家征求意見，當時中華書局趙守儼先生、傅璇琮先生立即回信，給予充分肯定和熱情鼓勵，黃永年先生、章培恒先生、周勛初先生也在不同場合給予了肯定和支持。1993年4月20日杜澤遜又在《古籍簡報》發表《四庫存目標註·易類書後》，從易類標註對全部《存目》之書的存佚及版本情況作了展望。
1994年5月，《四庫全書存目叢書》正式成立編纂委員會，東方文化研究會會長季羨林先生任總編，杜澤遜任常務編委，應邀來北大任編目室副主任、不久改任總編室主任。到1997年10月底全書1200冊出齊，***收《存目》之書4508種，絕大多數為善本。11月杜澤遜返回山東大學，根據《存目叢書》學術顧問黃永年先生的建議，開始《四庫存目標註》清稿工作。 季羨林先生曾表揚杜澤遜作《存目標註》為編纂《存目叢書》“立了壹大功”。
近5年間杜澤遜承擔著繁重的教學工作，為山大文學院、歷史文化學院、文史哲研究院等單位開設“文獻學”課（山大文、史、哲專業研究生必修課），為古典文獻學專業研究生開設目錄版本校勘學、清代目錄版本學研究、四庫學研究等課，同時參加了若幹集體項目，個人為應教學之需撰寫出版了《文獻學概要》（中華書局2001年出版）壹書。 杜澤遜認為搞學術研究，壹要打好基礎，二要善於捕捉信息，“現在不少人喜歡從網上找信息，認為信息壹定是現代化的，甚至是洋玩藝兒，我看太狹隘了，信息到處都是，關鍵在自己去捕捉，要善於捕捉。”這是杜澤遜的經驗之談。三要抓機遇。選準課題，又要有條件做好，沒有條件，好課題也沒用。四要有耐心。這麽大的項目，壹星壹點地積攢，壹條壹條地考索，字斟句酌地表述，比蝸牛慢多了，他的老師和朋友，知者無不為他著急，甚至善意地勸他“先出壹本”，以便評職稱。他從沒動搖過，相反，他如癡如醉地沈迷其中。2002年2月周積明教授在《四庫學200年》壹文中寫道：“在《四庫全書存目》的研究上，山東大學杜澤遜副教授考索甚深，其所著《四庫存目書進呈本之亡佚及殘餘》、《四庫存目書進呈本知見錄》、《四庫存目標註》等，皆有專門之學的意味，令人註目與期待。”2007年，長達270萬字的《四庫存目標註》終於與讀者見面。