順治元年（1644年），清遷都入關，盛京皇宮成為僅次於北京紫禁城的陪都宮殿。乾隆十壹年至十三年（1746—1748），為乾隆皇帝及隨行皇太後、後妃東巡駐蹕之需，在盛京皇宮原中路建築兩側，增建了東所、西所兩處行宮，使盛京宮殿具備了先皇舊宮與皇帝行宮的使用功能。不僅如此，從現存檔案記載看，乾隆帝曾幾次大規模向盛京皇宮輸運各類珍藏品，並為收藏宮內各類珍寶及清朝帝後禦用物品，在盛京皇宮崇政殿前後新建、改建了飛龍、翔鳳閣， 東、西七間樓， 師善、協中齋，日華、霞綺樓，在東所、西所之後修建了敬典、崇謨閣。乾隆四十三年至四十八年（1778—1783），完善禮制興盛皇家祖廟和收藏歷朝帝後玉寶、玉冊，在大清門左側移建了皇家祖廟盛京太廟；為修身養性和收藏《四庫全書》《古今圖書集成》等重要文化典籍，則於盛京皇宮西側拓建了西路嘉蔭堂、戲臺、文溯閣、仰熙齋、九間殿等建築，使盛京宮殿成為與北京故宮、承德避暑山莊齊名的皇家三大府庫之壹。
九間殿外景
乾隆時期由北京紫禁城撥運盛京皇宮收貯的各類珍寶，在當時京師與盛京內務府、京師與盛京禮部、工部衙門間的往來檔案中曾多有記載，所送器物有時壹年之內可達二十次以上，每次所送物品少則數件、數十件，多則數百件、數千件，最多的壹次即有十萬件。依據檔案來看，其中較大的幾次分別為：
乾隆八年（1743年） 撥送大小金碗、金盤、銅碗、銅盤千余件；乾隆四十四年（1779年） 撥送康熙、雍正、乾隆年款各色瓷器十萬件；乾隆八年、四十三年分別撥送皇帝禦用各類弓、箭、刀、槍、鞍、甲胄、橐鞬等物數十件；乾隆十壹年（1746年） 撥送禦制書畫、歷代名家傳世書畫數十件；乾隆五十二年（1787年） 撥送禦制書畫、歷代名家傳世書畫數百件等等。
清宮樂器排簫
乾隆皇帝多次傳旨並親自主持向盛京皇宮送貯大批宮廷器物和藝術品，其目的大概有如下幾個方面：
其壹，送貯清朝皇帝、後妃所用的宮內實用品、陳設品及祭祀、慶典活動應用的各類物品，以備帝後東巡時在盛京皇宮、盛京三陵舉行各種典禮儀式及在盛京宮殿駐蹕期間使用。其中包括有宮內陳設品、禦用器物、服裝和禦前鹵簿儀仗、樂器等物。
其二，按照清朝國家禮制的各項需要，尊藏各類帝後寶冊、典章文獻和皇家檔案，並以此提高盛京皇宮的尊貴地位。乾隆時期，國家各項禮制已經完備，因禮制需要而制作的國寶器物也越來越多，尊藏國寶，實際上也就是維護國家權力和地位的需要。從乾隆年間開始，弘歷便傳旨將本朝各代皇帝、皇後的玉寶、玉冊（謚寶、謚冊），各代皇帝的《實錄》《聖訓》和聖容，愛新覺羅家族宗室、覺羅的譜書《玉牒》和各類清朝官方秘不示人的檔案、文獻等，陸續送藏盛京皇宮。
其三，盛世收藏，皇家獨尊，開辟安全的皇家藏寶之地，以更好藏貯清中期皇室內府收集的歷代藝術珍品和新造的各類皇室禦用器物。清代中期，國家政權日趨鞏固，社會安定，經濟繁榮，出現了所謂的“康乾盛世”。到乾隆時期，宮中珍藏的歷朝傳世國寶越來越多，除歷代法書名畫、古董珍玩，還有由內府設置各種禦窯、禦坊，以專門制造皇家禦用的瓷器、書畫、雕刻品、琺瑯器、織繡品、書籍等各類珍品。
其四，繼續送貯清朝皇帝禦用的弓箭、刀槍、橐鞬、甲胄、鞍轡等物，以此維護傳承清王朝崇尚武功的國策。“國語騎射”是清王朝的既定國策，皇帝家族更是率先垂範，因此，清朝諸帝都擁有禦用寶弓、寶刀、寶劍及其他武備用具。乾隆朝將皇帝禦用的弓矢、刀槍等恭貯盛京，以示“不忘根本”的宗旨。
據道光年間成書的《盛京皇宮器物清冊》記載，當時盛京宮殿的各項文物藏品達十二萬件套之多。而且，這種情形壹直延續到清光緒末年。關於盛京皇宮各樓閣庫房內的主要文物藏品情況是這樣的：
鳳凰樓尊藏酌清初皇帝禦璽、聖容及行樂圖鳳凰樓為黃琉璃瓦綠剪邊、三滴水、圍廊、歇山式建築，進深與面闊均為三間，位於沈陽故宮中路崇政殿後的高臺之上，是故宮建築中的最高點。後金至清初時期，這裏是皇太極及其後妃議事、讀書、小憩和宴會之所。從乾隆朝開始，鳳凰樓成為恭貯清初禦用寶璽、皇帝“聖容”、“行樂圖”等珍貴文物的地方。
據有關史籍和檔案清冊所記，乾隆十壹年（1746年），清初十余方早已停用的禦用寶璽，經乾隆皇帝親自驗察後，將其中十寶恭送盛京尊藏，以體現盛京皇宮龍興之地的尊貴。這十方禦寶分別是：“大清受命之寶”（碧玉，麒麟紐），“皇帝之寶”（青玉，交龍紐），“皇帝之寶”（碧玉，盤龍紐），“皇帝之寶”（旃擅香木，素紐），“奉天之寶”（金，交龍紐），“天子之寶”（金，交龍紐），“奉天法祖親賢愛民”（碧玉，交龍紐），“制誥之寶”（《盛京通誌》記為“丹符出驗四方”，青玉，交龍紐），“敕命之寶”（青玉， 交龍紐），“ 廣運之寶”（金，交龍紐）。
崇謨閣門額
此外，鳳凰樓還藏有包括有清太祖努爾哈赤至清穆宗（同治帝） 載淳各代皇帝的“聖容”十份，乾隆、嘉慶、道光三位皇帝的“行樂圖”十五份。從清帝“聖容”和“行樂圖”畫面內容來看，皇帝身穿禮服端坐的“標準像”即為“聖容”，其騎馬射獵、筵宴觀遊的日常生活形象稱為“行樂圖”。這些清帝“聖容”和“行樂圖”原藏於北京故宮內，自乾隆十五年始送往盛京尊藏，此後各朝均按此制恭送前代皇帝聖容至盛京，直至光緒朝。這些帝王畫像皆出自清代宮廷畫家之手，有的還是多人合繪，具有壹定的歷史價值和藝術價值。
另外，乾隆十五年（1750年），太祖至世宗（雍正） 五朝的《聖訓》《實錄》運到盛京鳳凰樓尊藏，乾隆四十三年（1778年） 則移至崇謨閣收藏直至清末。
飛龍閣尊藏清帝禦用器物飛龍閣位於崇政殿前東側，為面闊五間二層式廂樓，上層藏有上自清太宗皇太極，下至清穆宗（同治） 載淳等皇帝禦用弓箭、刀劍、火槍等兵器及甲胄、馬鞭、橐鞬、鞍轡、武備等物，***有三千多種（其中大部為箭支），藏品中以八十余副嵌有珠寶、鍍金裝飾的禦用鞍轡較為珍貴。清帝東巡駐蹕盛京皇宮期間，嘉慶帝就曾登樓閱視禦用武備存放、保管情況。
飛龍閣外景
飛龍閣下層為清宮內府收藏的珍貴古代青銅彜器，***四百五十九種，總計八百件，其中商器五件、周器四百余件、漢器三百余件、唐器二十件。器形包括有鼎、尊、卣、爵、觚、盂、盤、鼓、鐘等五十余種，相當壹部分器皿上都鑄刻有銘文。這八百件古銅器在乾隆年間被編錄入《西清續鑒·乙編》成書。這是清代專門著錄盛京宮殿藏品的唯壹書籍。
除上述兩項外，飛龍閣中尚存有其他壹些物品。如黃地洋彩八寶、五供、青花龍鳳呈祥太極尊等瓷器數十件，以及洋瓷翎管數十件，此外尚有靠背、迎手、椅墊、鹿角椅等坐具及甲胄、皮張等物，合計約壹千件。
翔鳳閣尊藏清帝禦用器物翔鳳閣位於崇政殿前西側，為面闊五間二層式廂樓，閣內藏品大體可分為兩項，上藏書畫等類，下藏禦用珍寶。據記載，翔鳳閣內恭貯盛京皇宮各宮殿禦用陳設、珍寶等物品五百多件，夏園、廣寧行宮等處的禦用陳設、珍寶等物品近二百件，以及清官內府收藏的歷代名家書畫及清帝禦筆字畫及大臣等所作書畫卷軸冊頁壹百六十多幅（冊），各種圖書壹百余部。上述各宮殿及行宮陳設物品約占翔鳳閣全部藏品的七分之壹。
翔鳳閣外景
除宮殿及行宮陳設品外，翔鳳閣中的其余藏物大抵可分作三類：
第壹類是金、銀、玉、瓷、琺瑯、漆、角、木、牙等制品，***有兩千多件，內以各種玉器所占比重較大。此項物品大部分是內廷貯用的比較貴重、精制的器皿和工藝品。第二類是各種錦緞、布匹、衣料、服飾、荷包等***四千多件。其中禦用袍、冠、朝珠等數十件，大小荷包四百余對，余者絕大部分是緞匹衣料。這兩類藏品主要供清帝東巡時作宮殿陳設和賞賜官員之用。第三類是清帝禦筆書畫及歷代名家所作書畫和內府刊印的書籍輿圖等，其中以歷代名人書畫壹項最為珍貴，有從唐至明的壹百多位書畫名家的作品三百三十多幅（冊），均為清代內廷收藏的傳世佳作。
清宮瓷器
這批書畫藝術品與飛龍閣所貯之古銅鼎彜，堪稱盛京皇宮藏品中之“雙璧”。清帝禦筆書畫亦藏有三四百件，既有禦制詩文繪畫，也有臨摹古代名家之作，大部分出於清高宗弘歷手筆。民國年間，金梁曾據翔鳳閣內所藏部分書畫精品編成《盛京故宮書畫錄》和《盛京故宮書畫記》。
東七間樓存放清宮禦窯廠燒造的各類圓琢瓷器東七間樓位於飛龍閣之後，為面闊七間二層式廂樓，內存康熙、雍正、乾隆年制各類瓷器十萬件。這批瓷器均由官窯燒制供宮內使用。由北京將如此眾多的瓷器品運到此處藏貯，其目的主要是為了備東巡筵宴等需用。所以，東七間樓即稱為“瓷器庫”。
東七間樓內除上述瓷器品外，尚有其他瓷器四千多件，約可分為三部分：其壹為康熙、雍正、乾隆朝各款瓷器，多為瓶、盤、碟、碗等類。每種壹件至數十件不等。釉色有青花、霽紅、五彩、霽青、汝釉、鈞釉、醬釉等。其二為明永樂至萬歷朝各款碗、碟等百余件，以青花瓷居多。其三為清冊中未記年款者，內有數百件仿宣窯、成窯、嘉窯制品，還有少量洋彩（琺瑯彩） 瓷器，其燒制年代亦當在康熙至嘉慶年間。
西七間樓存放殿版書籍、墨刻碑帖及官府衙門檔案等物西七間樓位於翔鳳閣之後，為面闊七間二層式廂樓。西七間樓在乾隆朝以後俗稱“書籍墨刻樓”，或“檔子庫”“西檔庫”等。樓內所儲主要是書籍、墨刻、檔案三大類。
西七間樓內所藏刊印書籍以“禦制”“禦纂”“欽定”書籍占很大比重，諸如《古今圖書集成》《大清會典》、各部《則例》、禦制詩文集等，均出自乾隆皇帝禦批。更為可貴的是，這裏的藏書還有許多滿、蒙文刻本或合璧本，像《會典》《四書》《上諭八旗》等均有滿文本，《蒙古源流考》有滿、蒙、漢三種文本，其他還有《清漢對音字式》《清文鑒》等壹些滿語工具書。
西七間樓內貯藏的另外壹項重要藏品是清代的墨刻、碑帖作品，據統計，這些墨刻、碑帖作品***有數百件之多，藏品中以清高宗弘歷禦制詩賦、題句題詞為最多，另外尚有壹些碑石拓片和《三希堂法帖》《淳化閣帖》等墨跡軟片。
西七間樓存放的清代檔案，乃盛京內務府等官司隨時送至的，按類別可分為三種：其壹，滿、漢文稿檔約五萬余件。系順治朝至清末二百多年間盛京內務府與北京內務府，以及盛京五部等官署之間往來公文的底稿。其二，冊檔。即所謂“黑圖檔”（“黑圖”，滿語意為“副本”或“雜檔”），***九百八十多冊。系康熙至鹹豐年間盛京內務府與京師，以及盛京有關官署之間往來公文的謄錄底檔。其三，乾隆至宣統年間盛京地區八旗人丁戶口冊。計有八千余冊，內完整及殘損者約各半。這三部分檔案涉及清入關後二百多年間東北地區政治、經濟、軍事以及皇室事務、旗務、清帝東巡等諸多方面，且均為第壹手材料，是盛京故宮保存下來的壹批珍貴歷史文獻。
另據清道光年間《西七間樓恭貯書籍墨刻器物清冊》所記，此樓內尚存放有清代盛京三陵銅供器五十余件，蒙文、無圈點滿文信牌及印牌五百三十七面等。
鑾駕庫內存清帝禦用鑾駕、鹵簿、儀仗及清宮樂器等物鑾駕庫位於故宮大政殿北側，為面闊十壹間正房，內存清帝禦用鑾駕、鹵簿、儀仗及清官樂器等物百余件。乾隆十壹年（1746年） 以後，盛京皇宮內的皇帝禦用鹵簿、儀仗均存放於此處。這些禦前用物均系清帝巡幸盛京期間出行和舉行典禮時所用。當時沈陽故宮所遺鑾駕鹵簿之物可分作四類：其壹，輦輿類，如步輿、鞍勒等；其二，禦用物品類，如交椅、提爐桿等；其三，儀仗類，如立瓜、臥瓜、龍鳳扇、豹尾槍等；其四，樂器類，如畫角、銅角、笙、笛等。四類藏品總計百余件。
敬典閣遠景
敬典閣尊藏的《玉牒》敬典閣為面闊五間二層歇山式正樓，它位於盛京皇宮中路東所的最後壹進院落，是清朝皇族愛新覺羅氏家族宗譜《玉牒》的存放之庫。
清代所謂的“玉牒”，即愛新覺羅氏皇族宗室、覺羅兩個支派的族譜。在清代，愛新覺羅氏皇族的所有成員依據與皇帝血緣關系的遠近分為兩個系統：壹為“宗室”，即顯祖塔克世（努爾哈赤之父） 的直系後裔，按制束黃色腰帶，俗稱“黃帶子”；壹為“覺羅”，即肇祖、興祖、景祖的其他子孫後裔，按制束紅色腰帶，俗稱“紅帶子”。清朝定制，宗室、覺羅所生子女至周歲時，須書其所生年、月、日、時，以及生母姓氏，詳其嫡庶次第，具冊送交宗人府。宗室載入《玉牒》黃冊，覺羅載入《玉牒》紅冊。家族《玉牒》每十年纂修壹次，由宗人府按每年黃、紅冊所記匯入。宗室入黃檔，覺羅入紅檔。《玉牒》內各人排列以帝系為統，長幼為序；存者朱書，歿者墨書。誤同名則改卑者及幼者。
清代首次修纂《玉牒》為順治十八年（1661 年），至乾隆七年（1742年） 已修九次，所編各部《玉牒》分貯於北京皇史宬、宗人府和禮部各壹份，原來並無送貯盛京之制。乾隆八年（1743年），弘歷傳旨命移送歷朝《實錄》壹份至盛京尊藏，此後，凡宗人府修纂《玉牒》，均按乾隆八年之例將新修《玉牒》恭送盛京貯存。自清順治十八年至光緒三十四年（1661—1908），愛新覺羅家族所修歷次《玉牒》均將其中壹份送藏盛京敬典閣，累計***藏《玉牒》黃檔壹百五十二包、紅檔二百三十五包。敬典閣《玉牒》的規格壹般為長二尺、寬壹尺的巨冊，封面按宗室、覺羅分別用黃色、紅色絹，全冊以白色宣紙制成，裝幀頗為精美，冊內分別以滿、漢兩種文字工筆書寫，以體現帝室貴胄的富貴和尊嚴。《玉牒》每次由京啟送及運至盛京入閣尊藏時，皆要依例舉行隆重的儀式。