清朝對古書的篡改主要是在編修《四庫全書》的過程中。
清乾隆編纂四庫全書時銷毀了對大清不利的書籍總數，據統計為壹萬三千六百卷。焚書總數，15萬冊。銷毀版片總數170餘種、8萬餘塊。除了焚毀書籍，大清還系統的對明代檔案進行了銷毀。明代檔案僅三千余件，主要是天啟、崇禎朝兵部檔案，也有少量洪武、永樂、宣德、成化、正德、嘉靖、隆慶、萬歷、泰昌朝的官方文書。其余估計不少於1000萬份明代檔案，已經全部被銷毀了。除了銷毀書籍和檔案外，大清還系統的對殘存書籍和檔案，進行篡改。
《四庫全書》的編修可以說是全國圖書都要進獻檢查，不僅不利於大清的文獻被禁毀，連前人涉及契丹、女真、蒙古、遼金元的文字都要進行篡改。查繳禁書竟達三千多種，十五萬多部，總***焚毀的圖書超過七十萬部，禁毀書籍與四庫所收書籍壹樣多。“初下詔時，切齒於明季野史。其後，四庫館議，維宋人言遼金元，明人言元，其議論偏謬尤甚者，壹切擬毀，……隆慶以後，至於晚明，將相獻臣所著，靡有孑遺矣”。明清之際，黃道周、張煌言、袁繼鹹、錢肅樂、顧炎武、黃宗羲、孫奇逢諸人的著作，均於例禁。後來稍稍放寬，有些人的著作，只要“改易違礙字句，無庸銷毀”。但對錢謙益、呂留良、屈大均、金堡以及戴名世、王錫侯、尹嘉銓諸人的作品，查禁特別嚴厲。乾隆時被銷毀的書籍“將近三千余種，六、七萬卷以上，種數幾與四庫現收書相埒”。吳晗說過“清人纂修《四庫全書》而古書亡矣！”文字獄如此之徹底，壹篇吳三桂的“反滿檄文”，壹本《揚州十日記》，壹本《嘉定屠城記略》，竟在中華本土湮滅二百多年，二百多年後才從日本找出來！
《四庫全書》所收古籍許多經過篡改是盡人皆知的事實。《四庫全書》的編纂者對於反映民族矛盾、民族壓迫和民族戰鬥精神的作品盡量摒棄和抽毀，對於不能不收錄的名家名作則大肆篡改。如嶽飛《滿江紅》名句“壯誌饑餐胡虜肉，笑談渴飲匈奴血”。“胡虜”、“匈奴”在清代是犯忌的。於是《四庫全書》館臣把它改為“壯誌饑餐飛食肉，笑談欲灑盈腔血”。張孝祥名作《六州歌頭·長淮望斷》描寫北方孔子家鄉被金人占領：“洙泗上，弦歌地，亦膻腥。”“膻腥”犯忌，改作“雕零”。陳亮的《水調歌頭·不見南師久》詞雲：“堯之都，舜之壤，禹之封。於中應有，壹個半個恥臣戎。”“恥臣戎”犯忌，改作“挽雕弓”。還有更荒謬的，辛棄疾的《永遇樂·千古江山》中的“斜陽草樹，尋常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”是南朝宋開國皇帝劉裕的小名，用小名稱呼帝王，做慣了奴才的《四庫全書》館臣覺得別扭而加以改動。
再如宋代《契丹官儀》記載遼國見聞：“胡人之官，領番中職事者皆胡服，謂之契丹官。樞密、宰臣則曰北樞密、北宰相。領燕中職事者，雖胡人亦漢服，謂之漢官。執政者則曰南宰相、南樞密。”四庫本則篡改為：“契丹之官，領番中職事者皆異服，謂之契丹官。樞密、宰臣則曰北樞密、北宰相。領燕中職事者，雖國人亦漢服，謂之漢官。執政者則曰南宰相、南樞密。”改掉“胡服”“胡人”等。