《傷寒雜病論》原書16卷，成書後很快散失於戰亂之中。至西晉王叔和重新搜集方得保存，但六朝隋唐時秘藏而不顯，故唐代孫思邈有“江南諸師秘仲景要方不傳”之嘆。且後世史誌所載書名、卷數等頗為紛亂。直到北宋經校正醫書局林億等校定，始有今傳本《傷寒論》和《金匱要略》兩書，前者專論傷寒，後者專論雜病。《傷寒雜病論》原書的全貌，已不可確知了。