內科雜病在明末清初也很興盛，名醫眾多，流派紛呈。孫壹奎是《赤水朱軒》的作者；婁穎是《醫學綱要》的作者；著名內科醫師薛基，其著作《內科文摘》是中國醫學史上最早以內科學命名學科和稱謂的著作。
此外，安徽祁門人王季對醫學理論問題的研究尤其有見地。1519年，他總結了自己在外科研究方面的經驗，寫了壹本書《外科原理》。就外科學的發展而言，它可能被視為外科理論的傑作。
1604年，外科醫生沈鬥元撰寫《外科宣》。他深感遺憾的是，外科學鼻祖華佗的外科學未能流傳於世，故以《外科學軒》為題，旨在探討歷代外科治療和醫療技術，造福於民，對清代外科學發展有重要影響。
《外科宣》***12、1到3壹般討論潰瘍的癥狀、診斷和治療，* * * 72；第4至9冊討論外科約200種疾病的診斷和治療，並繪制圖片；卷10附《牛痘的寶藏》卷1。卷11到12是治療處方。有四種刻本和後來的影印本。
清代著名的溫病學創始人葉所著《傷寒論》為我國溫病學的發展提供了理論和辨證依據。清代名醫張序谷對《溫熱論》評價很高，認為它不僅是後學的指南，而且彌補了張仲景著作的不全。可見其功不可沒。