龔雋教授主要從事中國佛教思想史、比較宗教學及中國哲學史的教學與研究。近年已發表的主要著、譯作品有：
《中國禪學研究入門》（與陳繼東合著）（復旦大學出版社，2009年版）；《禪史鉤沈：以問題為中心的思想史論述》（三聯書店，2006年版）；
《修剪菩提樹——“批判佛教”的風暴》（多人合譯，上海古籍出版社，2004年版）；
《禪學發微——以問題為中心的禪思想史研究》（臺灣新文豐出版公司，2002年版）；
《大乘起信論與佛學中國化》（修訂版）（“中國佛教學術論典”第31輯，臺灣佛光出版社，2001版）；
《佛：覺悟與迷情》（廣東人民出版社，1996版）。
編輯《學術思想評論》第六、第七輯（吉林人民出版社2002年版）
另在《哲學研究》、《中國哲學史》、《世界哲學》、《宗教學研究》等刊物發表論文數十篇。
於國內刊物發表的主要有：
唐宋《圓覺經》疏之研究:以華嚴、天臺為中心（《中國哲學史》2011/2）；
走出舊有研究的思考惰性（《中國哲學史》2010/ 02）；
從智顗 、知禮對《觀音菩薩普門品》的詮釋看天臺宗的解經學（《哲學研究》2008/04）；宋明楞嚴學與中國佛教的正統性——以華嚴、天臺《楞嚴經》疏為中心（《中國哲學史》2008/03）；
再論初期禪史中的頓漸（《學術研究》2006/11）；
再論中國哲學史作為“學科”的合法性危機與意義（《哲學研究》2005/08）；
梁譯《大乘起信論》的本覺論思想分析（《中山大學學報(社會科學版)》2005/05）；
北宋天臺宗對《大乘起信論》與《十不二門》的詮釋與論爭（《中國哲學史》2005/03）；
歐陽竟無與“人間佛教”之比較——從佛教與政治、佛教研究法兩方面看（《江西社會科學》2004/05）；
“反抗的現代性”:二十世紀的日本禪、京都學派與民族主義（《世界哲學》2004/02）；
在自由與規範之間——略論中國禪的“遊戲三昧”及其與律制的關系（《哲學研究》2003/09）；歐陽竟無思想中的三個論題（《哲學研究》1999/12）；
嚴於染凈真俗之界:歐陽竟無思想三論（《佛學研究》1999/00）；
哲學史研究中的有效解釋及規則（《哲學動態》1998/08）；
曹溪禪學典據考釋——從《大乘起信論》看曹溪禪學的形成與開展（《中國哲學史》1998/02）；
近代佛學從經世到學術的命運走向（《哲學研究》1997/05）；
人生天地有形間——現代中國社會對合理性的期望及其意義代價（《開放時代》1997/01）；
早期佛道異同論（《江西社會科學》1996/08）；
文化中心意識及其他（《開放時代》1996/05）；
禪慧與儒境──白沙心學的持養與境界論（《中國文化》1996/01）；道德文明與道德理性（《哲學動態》1995/09）；
安身立命有新篇——評《仁山智水論人生——中國傳統人生論述評》壹書（《華南師範大學學報(社會科學版)》1995/03）；
現代嶺南文化的定位與走向（《開放時代》1995/03）；
儒釋之間——略論陳白沙哲學的工夫論（《中國文化研究》1995/02）；
近代中國科學主義的誤區（《華南師範大學學報(社會科學版) 》1994/04）；
《肇論》思想新釋（《人文雜誌》1993/05）；
“理事無礙”與“虛心玄鑒”——中國傳統哲學本體論、方法論新詮（《江西社會科學》1993/02）；
超越名言 感而遂通——走出西方科學方法的困境（《周易研究》1993/01）；
論僧肇（《宗教學研究》1992/Z2）；
從哲學本體論、方法論看中國哲學的現代意義（《社會科學家》1992/06）
於港臺、國外刊物發表的主要有：
念佛禪——壹種思想史的讀解（《普門學報》第七期，2002年1月）；
作為思想史的禪學寫作——以漢語語境禪學研究為中心的方法論考察（《佛學研究中心學報》第5期，2000年7月）。