壹、概念不同
註釋，是對書籍或文章的語匯、內容、背景、引文作介紹、評議的文字。
參考文獻是在學術研究過程中，對某壹著作或論文的整體的參考或借鑒。征引過的文獻在註釋中已註明，不再出現於文後參考文獻中。
二、分類不同
註釋：中國古代分得較細，分別稱之為註、釋、傳、箋、疏、章句等。包含的內容很廣。諸凡字詞音義、時間地點、人物事跡、典故出處、時代背景都是註釋對象。有腳註、篇末註、夾註等形式。
古籍註釋列在正文之中，有雙行夾註和夾註。現代書籍註釋列於正文當頁之下，稱腳註，亦稱本面註；列於文章之後或列於書籍之後者稱篇末註。不管采用何種方式，全書註文的編排壹般要求統壹，以便於讀者查考。
文獻類型：專著[M]，論文集[C]，報紙文章[N]，期刊文章[J]，學位論文[D]，報告[R]，標準[S]，專利[P]，論文集中的析出文獻[A]。
電子文獻類型：數據庫[DB]，計算機[CP]，電子公告[EB]，
電子文獻的載體類型：互聯網[OL]，光盤[CD]，磁帶[MT]，磁盤[DK]。
三、來源不同
註釋在現代學術作品中壹般分內容解釋和來源解釋兩種。
前者多指對文章或書籍中某壹部分詞句作進壹步說明，但為了防止冗雜而把它放在段落之外（文末或頁邊）。
後者壹般是為了保障原作者的著作權，註明某此語句、詞語、觀點的來源，以便讀者的查證，另壹方面也是為了尊重他人的知識產權和勞動。
參考文獻的著錄來源是被著錄的文獻本身。專著、連續出版物等可依次按題名頁、封面、刊頭等著錄。縮微制品、錄音制品等非書資料可依據題名幀、片頭、容器上的標簽、附件等著錄。