《乾坤大略》初以抄本行世。辰州秦聚奎在為本書寫的序中說：他在任職肅水時看到的抄本，往往事不歸類，躊駁頗多。他於清鹹豐四年(1854年)任職饒川時，王余佑之裔孫王懋亭茂才來饒，攜其先人藏書數種，內有此書原本，因重校壹遍，始知篇中錯雜重復之處，為後人所竄入，而原書本來是融會貫通的。當時籌防吃緊，到處戒嚴，韜鈐攻守之術，尤為救時良劑。於是，他據原本重錄壹份，與舊本相校，將後人竄入的十三條，刪其重復，另記於後，以資參覽。這就是所謂的秦校本。本書被收入《畿輔叢書》、《叢書集成初編》。寶興堂於光緒三十三年(1907)翻刻、山西育才館於民國九年(1920)翻印。這些不同的版本，或以秦校本為底本，將竄入的十三條附於書後，如山西育才館鉛印本；或以舊抄本為底本，但在後人竄入的內容後面壹壹註明“秦校原本無此條”，如《畿輔叢書》本即如此。