南瓜原產於南美洲，已有9千年的栽培史，哥倫布將其帶回歐洲，以後被葡萄牙引種到日本、印尼、菲律賓等地，明代開始進入中國。李時珍在《本草綱目》中說：“南瓜種出南番，轉入閩浙，今燕京諸處亦有之矣。二月下種，宜沙沃地，四月生苗，引蔓甚繁，壹蔓可延十余丈……其子如冬瓜子，其肉厚色黃，不可生食，惟去皮瓤瀹，味如山藥，同豬肉煮食更良，亦可蜜煎。”
元代賈銘在《飲食須知》中也曾提到“南瓜”，他說：“南瓜，味甘，性溫，多食發腳氣黃疸。同羊肉食，令人氣壅。忌與豬肝、赤豆、蕎麥面同食。”但此時哥倫布尚未發現美洲大陸，而中國亦未發現南瓜的其他野生種，因此書中“南瓜”絕非今天我們所說的南瓜，而是其他的瓜類植物。只是今天的南瓜也不適合與羊肉同食，故以訛傳訛，甚至派生出“南瓜早就傳入中國”“亞洲也是南瓜原產地”等等錯誤的說法。
南瓜的優點非常明顯，它產量大、易成活、營養豐富，荒年可以代糧，故又稱“飯瓜”“米瓜”。《北墅抱甕錄》中說：“南瓜愈老愈佳，宜用子瞻煮黃州豬肉之法，少水緩火，蒸令極熟，味甘膩，且極香。”所謂“子瞻煮黃州豬肉之法”，就是蘇東坡制作東坡肉的方法，可見人們已將南瓜視為珍物。
從古籍上看，當時人們不僅吃果實，還吃葉，比如“以葉作菹，去筋凈乃妙”，花亦能食，“泡以開水鹽漬之，署日以代幹菜”，但食花需去其心和須，否則太苦，而南瓜莖則可以“織屨及繅作絲為絳紃等物”。此外還用南瓜泡酒，被認為有利於保健，《本草求原》載：“蒸曬浸酒佳。其藤甘苦、微寒。平肝和胃，通經絡，利血脈。”
光緒之前甚少見“南瓜”之說，多以“番瓜”“翻瓜”“蕃瓜”“房瓜”“窩瓜”稱之，壹方面是說它來自海外，壹方面是說它體量巨大，此外還有“金瓜”壹說，因為它色澤金黃，且有藥用價值。鴉片泛濫時，南瓜常被用作藥物，以治療煙癮。
南瓜傳入中國有多條路徑，但以廣東、福建、浙江為最早。中國人初期誤以為南瓜來自日本，故名之為“倭瓜”，因日本在中國之東，所以又稱南瓜為“東瓜”，此外還有進壹步誤會為產自朝鮮半島，名之曰“高麗瓜”，而日本人則以為南瓜來自中國，所以稱它為“唐茄子”（當時日本人將中國產品概稱為唐物）。到了清代中後期，中國南方南瓜沿大運河向北移栽，特別是山東，成了北方南瓜種植重鎮，人們開始意識到此瓜應自南來，“南瓜”之稱開始流行。 截至2014年10月08日，瑞士農場主培植了世界上最大的南瓜。在瑞士東部的壹個小城舉行農產品展覽會上展出的這只南瓜重953.5公斤。