1636年，清軍入關，建立了清王朝。為了緩和人民群眾的矛盾，清朝廷有選擇的保留了漢族的文化傳統，由於黃鶴樓是聞名遐邇的傳統名勝，所以這座樓閣在順治初年便得到重建。
從1656年到1884年，黃鶴樓屢建屢廢，經過了多次的整修，有“國運昌則樓運盛”之說。
其中，最後壹座黃鶴樓建於1868年，因黃鶴樓毀於1884年的大火。那次大火，使得黃鶴樓內文物茫然無存，在後來的遺址上只剩下唯壹遺留下來的壹個黃鶴樓銅鑄樓頂。
不過，從清代留下的古籍中，可以看出，總體來說，清代黃鶴樓的壹次次重建和修葺，使它建築規模壹次比壹次宏大，並使我國的道教文化與建築，更加緊密的聯系起來，使它達到了我國古典園林的極致。
在後來重修的黃鶴樓內，我們可以清楚地看到同治年間黃鶴樓的原型。這座建築的特點是以三層八面為特征，主要建築數據應合“八卦五行”之數，以求避兇趨吉。
如平面四方代表“四象”，即東、西、南、北；外出八角寓意“八卦”，明為三層法“天、地、人”三才；暗設六層合卦辭“六”之數；每樓翼角十二含“十二月”、“十二時辰”等概念；檐柱28根表示“二十八星宿”象；中柱4根代表“東、西、南、北”思維；層檐360個鬥拱合周天360度；全樓***有72條屋脊表示壹年有72候。
樓內天花，壹層繪八卦，二層繪太極，合日月經天，明陰陽之象；樓頂攢尖***5個蘊“五行”之意。樓頂紫銅葫蘆三層，表示受到“三元”之托等。