建於南詔全封祐年間(公元824-859年)，先建巨塔“千尋塔”，高69.13米。是壹座方磚塔，檐密，樓***16。後來又建了南塔和北塔，都是42.19米高。是壹對八角形的磚塔，都是10級。三塔的修建，除了佛教宣揚可以成佛之外，還有壹個重要的原因，就是大理曾經是“洪水多發之國”。古籍《晉編》中記載:“天下傳說龍拜塔畏彭。大理以前是龍澤，所以是鎮。”相傳古代有三座塔，是鋪壹層土修壹層塔。城樓修好後，壹層壹層地挖開泥土，使城樓顯現出來，於是有了“堆砌土木城樓”、“現在挖開城樓”的說法。當這座塔建成時，這座橋像小山壹樣高，長達10裏。修塔時運能不足，用山羊運磚。現在大理的銀橋村，古稱“塔橋村”。古書記載，三塔建成，“雇工匠七百七十萬，耗資四萬余元，歷時八年建成”。三塔建成後，又修建了規模宏大的崇聖寺。
元武宗“頒令”時，授予方丈和尚稱號，保護寺院財產，免交糧食稅。元代又進行了修繕，使“寺閣回春，三塔挺立，金碧輝煌，山梁(平)”。
明代重修李元陽，也有“三亭七樓九廳百府”。當時寺內有五件寶物:三塔、巨鐘、玉通觀音、鄭碑和佛都匾。
徐霞客到大理時，仍見崇聖殿前“三塔”，四面儺高聳。西邊，三塔對面有壹座鐘樓，極為雄偉。樓後是正殿，正殿後是“雨珠觀音堂，銅質，高三尺”(《徐霞客雲南遊記·日記八》)。據說廟裏的鐘是始建於建安十二年(公元871)。它“直徑壹尺多，但厚達壹尺”，“其譽可達八十裏”。
明代鄭德九年(公元1514)，千尋寶塔“裂兩尺，狀如斷竹”，後“十日復壹”。
在1925的地震中，塔頂倒下，斷塔變重。新中國成立後，政府對三塔的保護非常重視，在1978進行了大規模的維修。