學校在國家中醫藥管理局的關懷下，在自治區黨委、人民政府關懷下，認真貫徹落實黨的教育方針，堅持社會主義辦學方向，不斷提高辦學水平和教學質量，各項工作都取得了令人欣慰的成績，使學校呈現出良好的發展態勢。
壹、繼續深化教學改革，不斷提高教學質量
1.抓好課程建設，促進課程設置的科學化。學校以培養學生實踐能力為目標，改進教學總體計劃，優化教學內容體系和課程結構，調整理論課和實踐課學時的比例，要求實踐課時占30%以上的時間。同時制定健全了《實踐教學大綱》、《學生技能訓練手冊》，加大了實踐教學、臨床教學力度，著重培養學生的動手能力和解決實際問題的能力。
2.不斷改革教學方法，實現教學手段多樣化。在培養學生的自我動手能力上，首先從最基本的技能訓練入手，通過示範性實驗和學生自己動手操作進行實驗，教師加以指導的方法，使學生對較先進的技術能夠直接接觸、親身體驗、熟練掌握。同時采用多媒體、校園網絡等形式介紹新技術，讓學生及時了解新的技術動態。在教會他們掌握技術方法的同時，引導學生建立科學的思維方式，增強創新意識。
3.漢語教學得到進壹步加強。為提高學生的綜合素質，擴大就業機會，從2001年起實行了漢語預科1年的制度。學校大力深化課程改革，在原有的基礎漢語和醫用漢語的基礎上，新增漢語寫作、漢語聽力、漢語水平測試等3門課程，要求學生必須通過HSK考試6級。此外，新疆醫科大學還選派高水平的漢語教師，對該校的漢語教學進行指導。通過幾年努力，預科制度已初見成效，通過HKS考試6級以上的學生比例2003年為24.7%，2004年達到了71.5%。為鞏固漢語教學成果，9門現代醫學基礎課實行漢語授課，擴大了學生的知識面，提高了教學質量。
二、加強教學設施建設，不斷改善辦學條件
1.以加強實踐教學為目標，不斷加強實驗室建設。近幾年，學校加大了實驗室建設力度，先後投入300多萬元購置新的儀器設備，裝備了臨床醫學實訓中心、化學實驗室、藥劑學實驗室等各實驗室，優化了各實驗室的條件。還將原先分散的、低層次重復設置的單科實驗室合並，實驗設備整合，實現資源***享，提高了設備使用率，降低了實驗成本。
2.加強實訓基地建設，形成了校內實踐教學基地。學生在直屬醫院以見習等形式參加醫療實踐，掌握醫療工作實踐經驗；在制劑室、藥廠、藥材種植基地等學習維吾爾藥材炮制、制藥技術、制藥設備的操作技術；在藥材種植基地參加維吾爾藥材栽培、收集、加工、貯存、銷售等各環節工作，在實踐中提高藥材鑒定鑒別能力，掌握藥材種植、加工技術。同時學校組織學生入住到藥農家裏，師帶徒方式跟隨民間維醫學習，收集民間藥方，學習種藥經驗，進壹步豐富了實踐經驗，為今後工作打下了堅實的基礎。
3.進壹步加強校外實訓實習基地建設。隨著學校的發展和社會對人才需求的變化，在靠校內實訓基地已難以滿足實訓教學需要的情況下，從2001年起，學校開始尋求與自治區維吾爾醫院、吐魯番地區維吾爾醫院、喀什地區維吾爾醫院等各大醫院、藥廠、保健品企業合作，積極拓展了校外實訓基地，使學校實習醫院達到了22家。同時學校與新疆維吾爾藥業有限公司等企業簽訂了實訓基地合作協議，形成了覆蓋全疆的實習基地。實習教學在鞏固和拓展同學們的專業知識、提高實際動手能力、養成良好的職業道德方面起到積極作用。
4.充分利用現代教學設備，開展多樣化的電化教育和計算機輔助教學。近幾年來，學校先後投入400多萬元購置設備，充實語音教室、多媒體教室、微機房等現代教學場所的設備，建立校園局域網，給每位教師配備計算機，開發有維吾爾醫藥學特色的教學課件，為開展現代化教學創造了條件。各專業課程利用多媒體教學的比例達到了40%以上。2004年初自治區教育廳對學校信息化建設和計算機教育進行評估，該校被評為“新疆高職高專學校信息化建設和計算機基礎教學合格單位”，並獲得了自治區計算機等級考試考點資格。
5. 加強教材建設，完善和更新教材的內容和結構，形成維吾爾醫藥學第二版教材體系。在建校初期編寫出版的14門教材的基礎上，總結十幾年的教學經驗，從2001年開始編寫維吾爾醫學、藥學、高級護理各學科的第二版教材。***計劃編寫出版30門教材，已完成26門課程教材的編寫工作，正式出版了14門教材，有12門教材編寫完畢，並通過試用，正在出版當中，其余4門教材已經編寫完成，以講義的形式試用於教學。
6.加強圖書館內涵建設。積極購置圖書資料，增加了圖書資料的種類和數量，特別是2005年投入25萬元，裝備了圖書館設施，並購進了9萬多冊圖書。同時規範了圖書館的管理，提高服務質量，為教學、科研工作提供了優質服務。
7.加強維吾爾醫藥學古籍文獻的收集、整理工作。目前已收集有較高學術價值的維吾爾醫藥古籍文獻47部，依靠自己的力量，已完成了5門古籍的翻譯、整理工作。
三、加大工作力度，教科研氛圍日趨濃厚
學校把科研工作作為提高師資隊伍素質、教學質量，促進學校快速發展的重要任務來抓，按照“以教學帶科研，以科研促教學”的方針，鼓勵教師積極投身於科研和科技開發。學校設立了專門的科研基金，制定壹系列鼓勵科研工作的政策性文件，促進教師積極開展了教科研活動。學校承擔了1個國家級重點學科建設項目——維吾爾醫內科學心血管方向學科的建設任務和自治區科技廳關於維藥材種植、維藥開發、藥效研究為內容的4個科研項目，同時開展部分校級科研項目的研究工作，取得了階段性成果。
加強對外合作和學術交流，與江西中醫學院、中國醫學科學院藥物研究所測試中心、自治區維醫研究所等科研單位協作，開展了7種維吾爾醫草藥、2種單方的研究開發工作。
學校1991年起編輯出版《新疆維吾爾醫學高等專科學校學報》，有力推進了維吾爾醫學教學、科研成果的交流。近幾年來，師生員工在區內外各級學術刊物上發表論文80多篇，在本校學報上發表或在自治區級學術研討會上交流的論文200多篇，教師開展教科研的自覺性明顯提高，學校教科研氛圍日漸濃厚。
四、加強師資隊伍建設，提高其整體素質
學校壹貫重視師資隊伍的科學配備和有計劃培養。學校初建時，通過調進名老維醫任教、接收和田地區衛校維吾爾醫學專業畢業生和留本校優秀畢業生的途徑解決師資問題。2005年在堅持在崗培訓，組織學術講座、計算機培訓班、漢語強化班，參加校直屬醫院醫療工作和藥廠的生產實踐等形式培養教師的同時，克服教師隊伍人員少、授課任務重的困難，送出去培養了多名教師，提高了教師的業務水平。4年來學校先後選送了3名教師出國留學，26名教師在區內外高校進修，其中攻讀學位教師有9人。同時新疆醫科大學每年派支教教師參加教學工作並進行業務指導，對教師授課水平的提高起到了促進作用。通過幾年的努力形成了能承擔維吾爾醫藥學教學任務的結構合理、學術水平較高的師資隊伍。