《雲笈七箓》以上清派為正統，故收載該派道書尤多，敘上清經傳授系統和上清修真方法甚詳，體現出上清派占居顯學地位的時代特征。此外，收錄唐代著作也比五代宋初新出的其他道書為多。然而本書除了繼續承認老子的教主地位之外，特別突出宋真宗時代出現的聖祖（趙玄朗）崇拜。例如將真宗所制《先天紀敘》和《軒轅本紀》列於紀之首，位居《元始天王紀》《太上道君紀》《混元皇帝聖紀》之上。傳則首錄宋真宗制序、以宣揚宋王朝君權神授為主要特征的《翊聖保德真君傳》，然後繼以上清眾真傳記。
本書在體例上，明顯繼承了《無上秘要》以“道”為首，以“驗”為足，以“法”為主幹的格式特征，但結構更為緊湊，分類愈趨合理。《四庫全書總目提要》稱此書“類例既明，指歸略備，綱條科格，無不兼該。道藏菁華，亦大略具於是矣”。此書雖屬抄錄，實具概論性質，對道教的各個方面均有所論述。其價值尤其體現在卷三至卷九，這部分論道藏源流，條分縷析，敘說清楚，《靈寶略紀》、《上清源統經目註序》和陸修靜所撰《靈寶經目序》等珍貴資料亦因此得以保存。書中還增加了“語論”和“內丹”兩大內容，這對於研究唐宋時代道教的歷史，全面了解道教理論，均有重要的意義。本書所收今佚道書有很高的資料價值，即尚存之書亦頗具參校之用。例如《翊聖保德真君傳》雖系摘錄，然序題宋真宗制，文內黑殺神封號僅“翊聖保德真君”六字，可正今本署“宋仁宗禦制《翊聖應感儲慶保德傳序》”之誤。此書收宋真宗《天童護命經序》以及《太上天童經靈驗錄》記唐昭宗景福元年（892）誦經靈驗事，足證《天童護命經》早出於唐代，北宋徽宗大觀三年（1109）四月茅山梁悟真所得確系加句本（據洪邁《夷堅誌》，梁加句本凡二百九十二字，多出壹百零七字）。