1943年，現代名僧應慈法師應沈香閣住持葦乘之請，駐錫沈香閣，在這裏首先開講華嚴初祖杜順（557-640）所著《華嚴法界觀門》，從此，慈雲寺（沈得閣）成為應慈漢師在上海弘揚華嚴宗的道場。
應慈（1872-1965年）法名濕親，安徽歙縣人，26歲在普陀山出家，28歲在寧波天童寺受具足戒，後到金山、高旻、天寧等寺參學，依明性、寄禪、大定、月郎、冶開等名僧為師，後隨月霞法師研究《華嚴經》，畢生致力於宏揚《華嚴經》教義，對近現代華嚴宗的傳播影響很大。
華嚴宗以《華嚴經》為主要經典，因實際創始人法藏被武則天賜號“賢首”，該宗又稱首宗。華嚴宗認為，世界是毗盧遮那佛的顯現，壹微塵映世界，壹瞬間含永遠，宣傳“法界緣起”的世界觀和“頓入佛教”的思想。
應慈法師隨月霞法師在上海華嚴在大學、虞山興福寺華嚴講堂講授《華嚴經》。1922年，他到杭州西湖菩提寺，潛心專修《華嚴經》。隨後數十年，應慈法師在江蘇、浙江、山西、上海等地傳播華嚴宗教義，並在常州、上海等地創辦華嚴學院，培養僧才。1948年，主持華嚴法會事務。晚年應慈法師常住沈香閣，仍弘揚演教，講學不輟，自律為“四壁有經皆可讀，壹年無日不參禪”。
應慈法師是位愛國愛教的佛教界代表人物。中華人民***和國成立後，他擁護中國***產黨的領導人民政府的政策法律，擁護宗教信仰自由政策。1954年當選為上海市第壹屆人民代表大會代表、上海市佛教協會名譽會長，1957年，又被選為中國佛教協會副會長、中國佛學院副院長，1962年當選為中國佛教協會名譽會長。
1985年，明旸法師為紀念應慈法師圓寂二十周年題詞壹首：
佛學耆宿仰應公，德重道高四眾崇。
壹片丹心愛祖國，大悲寵願護禪宗。
經談般若真空理，教演華嚴玄妙功。
二十年前撇手去，今朝又顯六神通。
“文化大革命”中，沈香閣被工廠占用。為了落實宗教政策，市政府花大力氣協調各方面關系，搬遷工廠，將沈香閣移交給佛教團體管理使用。現沈香閣內還建有“應慈法師紀念堂”，每天都有許多國內外信徒、遊人前來瞻禮、參觀。 1989年落實宗教政策，開始邊修復邊開放。經上海市佛教協會與市文管部門研究，決定按照明清古建築格局修復沈香閣。經過五年整修，沈香閣又重現了明清時期的舊貌。四柱三間三牌樓的山門，基本保存了原有的石柱和部分構件；天王殿正中奉天冠彌勒、韋馱、四大金剛；大雄寶殿中奉盧舍那佛、文殊、普賢、梵王、帝釋，兩旁為十八羅漢坐像，扇墻後為海島觀音；後殿為全寺主體建築“沈香閣”——觀音樓。前後三進，兩邊耳房為配殿、僧寮，結構完整，布局緊湊。
現在的沈香閣，中軸線上，第壹個建築是修復的明代石牌樓，飛檐鬥拱，氣宇軒昂，著名書法家沙孟海先生題寫的匾額“沈香閣”懸掛在上面。 第二進是天王殿，天冠彌勒、韋馱和四大天王像全部新塑裝金。天王殿裏，壹般都塑有四大天王，故稱為天王殿。明清以後的四天王像，基本成為定式，即東方持國天王，白面，手執琵琶；南方增長天王，黑面，手執寶劍；西方廣目天王，紅面，手執壹條龍或蛇；北方多聞天王，綠面，手執壹柄大寶幢(雨傘)。
佛教中認為，四大天王，能護佛護法護國土護眾生，佛教信徒從四天王手中所持的法寶(寶劍挾“風”、琵琶“調”音、寶幢喻“雨”、龍蛇喻“順”人之心意)，能保佑五谷豐登、六畜興旺、年年“風調雨順”。
天王殿的正中，面南而塑的是彌勒菩薩，彌勒菩薩在佛教中是受佛授記，繼佛之後在世間教化眾生的未來之佛，故又稱為彌勒佛。沈香閣內，塑的是彌勒尚在兜率天內院時，現菩薩法相的天冠彌勒像。現在大多數寺院都塑笑口常開的布袋和尚像。相傳在五代時，浙江奉化有壹個名叫契此的僧人，常常蓬頭垢面，手裏拿壹個布口袋，乞討於街上，人們都叫他“布袋和尚”。某年農歷三月初三日，端坐圓寂之前，說了壹首偈子：“彌勒真彌勒，化身千百億。時時示世人，世人常不識。”佛教徒認為他就是彌佛的化身，而且他慈眉善目，使人見了都能生歡喜心，所以壹般的佛教寺院中都將他塑為布袋和尚相。
彌勒的背後是韋馱天將像，佛教中說他常常手執降魔杵，巡遊東、西、南三洲，面對佛尊，守護佛法，稱為“三洲感應”。是寺院的守護神，老百姓又稱他為韋馱菩薩。常見的韋馱像為立像，壹種是雙手合十，降魔杵橫擱於兩臂彎中，另壹種是雙手扶杵柱地，或左手扶杵柱、右手叉腰，面對大雄寶殿，註視出入之人。個別寺院也有將韋馱塑為坐像的，如江蘇如臯定慧寺內，就塑坐、立各壹尊韋馱像。 第三進是大雄寶殿，迎門的壹副楹聯，是新加坡吳偉業居士所獻，由中國佛教協會副會長、四川成都比丘尼道場鐵像寺和愛道堂的住持隆蓮法師所撰書：
沈淪人盡渡載三千佛子壹葉舟中；
香水海無邊禮百億法王千花臺上。
大殿正中須彌座上端坐報身佛盧舍那佛，文殊、普賢，大梵天、帝釋天分列兩旁。頂上精工雕刻的藻井，整個大雄寶殿頂上，有348尊貼金小佛像圍繞盧舍那佛，按佛教《梵網經》經義，象征這所莊嚴的比丘尼道場，嚴持比丘尼348戒。佛前供桌和桌上五供具都按明代式樣配置。大殿兩側是裝金十八歲漢。大殿南端東鐘西鼓，晨鐘暮鼓修持誦經。 進入大殿後的寬敞天井，空地上有壹座三層銅制寶鼎和壹對石燈臺。廣場周圍建築都是兩層樓閣，東西兩廂的樓上東邊是專供海外女賓來寺院時的四套客房，按春夏秋冬季節特點布置有明式床寢家具，但配有現代化的衛生設備。西樓上是沈香閣常住比丘尼們的寮房。樓下東廡是客堂，千手觀音殿和伽藍殿，伽藍殿內供有壹尊明代木雕伽藍神關羽像。西廡是祖堂，祖堂內供著沈香閣(慈雲禪院)歷代祖師蓮位，和1943年起即卓錫於此、並壹生弘揚《華嚴經》的“華嚴座主”應慈法師的蓮位。
天井正面的建築，可以說是全國獨特的。從庭院向上看，正中四根立柱架起壹重飛檐，檐上壹個懸空亭閣，東南西全部落地窗。這就是全國聞名的沈香閣的閣，趙樸初居士為之題額為“南海飛渡沈香大士寶閣”。登兩側的樓梯而上，立即可聞到芳香馥郁，到此方是真正的沈香閣。雖然名稱為閣，實際上，閣只是凸出向外的十乎方的小閣，放幾把明式單背的椅子和高腳花幾而已。 閣的後面的就是壹個觀音殿，上面張掛著繡有“南海寶筏飛渡沈香大士”的歡門和四條風幡。正面壹個大佛龕，龕前壹張明式楠木大供桌，明黃色瓷五供具，恰到好處地陳列在供桌上，二尺高的縷空香爐內，飄出縷縷檀香味。佛龕兩側有銅制伽藍神和兩童子像。佛完內供的就是沈香觀音。這尊沈香觀音，又名如意觀音。觀音呈坐像，原高三尺，是用特別名貴的沈香木雕就，故而得名。屈右足於坐上，右肘倚於右膝上，左手支撐於座上，頭微右側，作凝思狀，花冠纓絡，莊嚴慈祥。傳說，據《隋書》記載，隋大業四年(608)，隋煬帝派大臣常駿出使南方國家，賜贈中國工藝品等禮品，赤土國回贈沈香觀音壹尊，常駿回到長安，正值隋煬帝巡遊揚州，常駿等從淮河乘船趕往揚州，途上遇風翻船，沈音觀音沈落淮河。直至明代潘允端發現後，奉回上海，建閣供於此處。據說原來每逢雨天，沈音芳馥四溢。可惜“文革”之中不知去向。
現在的沈香觀音，是由沈香閣住持觀性法師1990年專程去泰國，從泰國募集到壹段極其珍貴的真正的沈香木，價值壹萬多美元。運回上海，配以上等檀香木，照原樣放大重雕而成，其神態和工藝水平，不遜於原像。閣的樓下為慈雲堂，裏面裝修、布置簡潔古雅，正中北壁壹長幾、壹八仙桌、兩張靠椅，兩側各四張靠椅，居上空地壹張園拼桌，四個鼓形園凳。全部明式紅木所制，無桌圍椅披，高雅而有氣度；所有擺設，不過是左右各壹座黃梨木獨幅屏風，紅木長幾上壹大理石插屏和壹對花瓶而已。正面壁上壹幅彩描觀音中堂和兩副對聯，分別由趙樸初居士和真禪法師所撰書：
趙樸初所撰為：
花海沈思洞明自性；
旃檀香風恒可眾心。
真禪法師所撰為：
無我無人觀自在；
非色非空見如來。
慈雲堂西面是貴賓接待室。東面是方丈室，現沈香閣住持為觀性法師。觀性法師，現已85歲高齡，現任中國佛教協會常務理事，上海市佛教協會副會長，曾任南市區人民代表、區政協委員，又兼慈修居住持。由她帶領這兩個比丘尼道場的六七十比丘尼和二十多位佛學院尼眾班學尼熏休修持。
沈香閣東北部重建了壹幢明式建築的小樓，現為“應慈法師紀念堂”，堂額為趙樸初居士所題。底層是壹個小法堂，二、三樓陳列著反映應慈法師生前弘法利生事業的珍貴照片、著作、手跡和遺物。
二樓堂中應慈法師遺像兩側，真禪法師為其親教師所書對聯：
霞月宗風不墜佛海圓融曾講三譯華嚴冗稱教主；
永懷無私慧照幸侍師門靈山盛會依然壹真法界。
沈香閣的東部，建有壹幢綜合樓。樓下是能供二三百人用餐的齋堂，在佛教節日和香期中，為佛教信徒們供應有廣東風味的素齋。在二樓上，還設有壹個小巧精致的餐廳，古色古香，裝飾有貼金的寶相花圖案。尤其是壹幅精美的壁塑，按河南鞏縣石刻原樣復制的北魏“帝王禮佛圖”，更顯得古雅莊重。這個餐廳在上海佛教寺院，甚至大賓舍館中，也可稱得上第壹流的。樓上是上海佛學院尼眾班的教室和學尼們的案房，每廟都有二十多位學尼，來自全國各地。現在已招收第四屆學員。以前畢業的學員都已受過具足戒，並分配在本市的各個尼庵中或佛學院中，擔任著重要的執事和教師，成為壹代新的比丘尼接班人。
上海沈香閣，以其古雅，以沈香觀音，聞名於海內外。它又處在上海市市中心的旅遊勝地，與老城隍廟和豫園的鄰近，吸引著無數的海內外佛教信徒和遊客，為上海市的繁榮興旺，作出了它應有的貢獻。
修復後的沈香閣為上海最大的比丘尼叢林。沈香閣住持觀性法師。1992年10月15日，沈香閣修繕壹新，隆重舉行觀音像開光，觀性法師升座典禮。1994年8月14日上午，禮請中國佛教協會副會長、龍華古寺方丈明旸法師主持並隆重舉行了全堂佛像開光儀式。上海佛教信徒以及來自江蘇、浙江、廣東等地的諸山長老800余人參加了佛像開光典禮，新加坡、香港、臺灣等地的法師和信眾專程來滬慶賀開光盛典，中國佛教協會趙樸初會長為此次活動發來了賀電。1992年沈香閣被列為上海市重點文物保護單位，1994年又被列為全國重點文物保護單位。