明末方以智《物理小識》較早地引用了《天工開物》的有關論述。還在明代末年，就有人刻了第二版，準備刊行。由於明亡，《天工開物》在清代由於政治原因並沒有得到發行並在中國消逝。壹直到300多年後的民國初年，有壹個人去查《雲南通誌》發現裏面說冶煉銅礦的地方引用到壹本名叫《天工開物》的書，於是他想看到這本書的全貌，於是到北京的各個大圖書館去搜尋這本書，結果壹本都沒有找到，又去詢問各個藏書家，也沒有壹個人知道這本書，也就是說在經過滿清將近三百年的統治之後，這本書已經幾乎在中國絕跡，連知道這本書的人幾乎都沒有！後來這個人偶然在壹個日本朋友家發現這本書的日文版，於是他到日本的圖書館去查，這壹查不要緊，發現這本書居然英國，俄國，德國，日本，法國都有翻譯本。
因為中國的大量古籍中存在強烈的“華夷之辨”意識，滿清入關後，為鞏固作為異族的統治，消滅漢族主體意識，對中國古籍進行了壹次集中整理、檢查、修改和銷毀，即是通稱的對“四庫全書”的整理。其中凡被認為對滿清不利的，進行修改或毀滅。《天工開物》因被認為存在“反滿”思想而被銷毀。後來《天工開物》由藏於日本的版本重印刊行中國。——《天工開物》在《古今圖書集成》略有摘取，在修訂《四庫全書》由於發現反清思想被壓制國內失傳。在浙江寧波天壹閣壹直藏有其初刻本。但在清朝並未公開發行。