魯迅先生為什麽寫《藤野先生》？這似乎不是個問題，不就是為了懷念藤野先生，並表現作者的愛國情感嗎？這當然沒有錯，但恐怕很不全面。何以見得？讓我們先看看魯迅先生寫作本文時的現實境況及留學日本時的生活情況。
本文寫於1926年10月12日。這壹時期的魯迅經歷著人世間的各種紛擾，承受著現實中的種種打擊，內心極為悲苦、孤獨。先有1925年的因“女師大風潮”與以陳西瀅為主的“現代評論”派的論戰，隨後又被教育部長章士釗非法免去教育部僉事壹職（後魯迅為此起訴並最終獲勝）。接著，在1926年的“三壹八慘案”中，痛失心愛的學生劉和珍，並被反動軍閥政府列入了慘案發生後下達的通緝令中，為此不得不到處尋找避難之所，先是居於北京西城，後移住山本醫院、德國醫院、法國醫院，這期間有時不得不十余人擠在“壹間破舊什物的堆積房中”，“夜晚在水門汀地面上睡覺，白天用面包和罐頭食品充饑。”（許壽裳《亡友魯迅印象記》）。此時的教育部又常常欠薪（魯迅先生在《記“發薪”》中曾敘述自己在1926年1月到7月，僅領了四次薪水***190.5元，而被欠薪水則高達9240元），給日常生活帶來了不小的困難，而因許廣平闖入自己的生活而造成的剪不斷理還亂的復雜而又矛盾的“煩人”感情，又無疑使魯迅的生活愈加難以平靜。原以為到了廈門會好壹些（1926年，魯迅應廈門大學國文系主任林語堂之邀，赴廈門大學任教），誰知沒過多久，就大失所望，不僅人事糾紛不斷，而且本來就與自己不合的“現代評論”派的羽翼也日漸豐滿，自己卻日益受到排擠，讓人覺得這所大學“就如壹部《三國誌演義》，妳槍我劍，好看煞人。北京的學界在都市中擠軋，這裏是在小島上擠軋，地點雖異，擠軋則同”（魯迅1926年10月19日致許廣平信，收入《兩地書》）。學校當局的“視教員如變戲法者，要他空拳赤手，顯出本領來”（1926年10月10日——即寫作此文的前兩天——致許廣平信，收入《兩地書》）的惡劣做法，使他極為不滿乃至憤慨，並最終在四個月之後憤然離去。也就在此時，自己曾大力提攜與扶持的文學青年高長虹竟然不明不白地公開撰文對自己嘲罵，這又無疑是背後襲來的壹支冷箭，令人心寒不已。
不難想象，面對這壹次次的困擾、折磨與打擊，魯迅先生的心態該是多麽的悲苦、淒涼，甚至到了9年後的1935年，在為《故事新編》作序時，他對這壹悲苦、淒涼的心態仍記憶猶新：“壹九二六年的秋天，壹個人住在廈門的石屋裏，對著大海，翻著古書，四近無生人氣，心裏空空洞洞。”
當現實悲苦、淒涼的時候，人很容易回憶過去，以便從“紛擾中尋出壹點閑靜來”（《〈朝花夕拾〉小引》），從而為冷色的現實增添壹些暖意（魯迅先生在1926年接連寫了十篇回憶性的散文，合成《朝花夕拾》壹書，恐怕與此不無關系）。因此，曾對自己關愛有加的藤野先生便自然進到了他的回憶視野之中，藤野先生對自己的熱情、誠懇無疑也為他帶來生活上的些許溫馨與快意。於是，在“離開仙臺之後”，竟沒有給藤野先生“寄過壹封信和壹張照片”，顯得“壹去之後，杳無消息”，作為文章大家，十幾年來也沒有為藤野先生寫過什麽文字，而卻在此時，要忽然回憶起藤野先生，便也有了合理的解釋。而想到藤野先生，便不可能不想到自己的留日學習生活，不可能不想到在仙臺受到的“物以希為貴”的優待，不可能不想到日本人蔑視中國人的風氣，以及那仙臺報紙上辱罵中國人的言論。而這壹切，愈加襯托了藤野先生的可親可敬，從而使得這壹回憶也愈加溫馨感人，這些在壹定程度上又撫慰著那“疲倦”的身影與心靈，緩解著那由於現實的紛擾與打擊帶來的內心的淒涼與悲苦，從而“增加勇氣”，繼續前行（引自《藤野先生》）。
由此可見，《藤野先生》壹文的寫作動因不僅僅是為了懷念藤野先生，也是為了從這溫馨的回憶中“尋出壹點閑靜”，感受壹點溫馨，並因此而增加繼續前行的勇氣。