-時間上的不同。“程甲本”完成於乾隆五十六年；“程乙本”完成於乾隆五十七年，也就是“程甲本”完成後的70天左右。
-內容不同。官方說法是“程乙本”是“程甲本”的修訂版，也就是將前面出版的內容整理修訂後的“定稿”版本。通常認為，“程甲本”更貼近原著，但有前後文矛盾之處，“程乙本”改動稍大，但閱讀更加通暢，邏輯也能自洽。