哈佛大學有大大小小、分門別類的近百家圖書館。各館都有其無可替代的特色，充分顯示哈佛非中心化的體制。不同的圖書館藏書各不相同，面向不同的學者，側重於不同的領域，而且各館的經費也來自不同的渠道。
包括哈佛最大的社會科學和人文科學研究圖書館威德納圖書館、哈佛－燕京圖書館、科學中心圖書館、S.摩爾和F.W.希爾圖書館、安多弗－哈佛神學院圖書館、康特威醫學圖書館貝克商業管理圖書館(有1850年前克雷斯商業經濟史藏書和班克羅夫特南海泡沫藏書等著名藏書)、頓巴敦橡膠園研究圖書館 (主要收藏拜占廷史和文化資料) 、埃達?庫恩?洛布音樂圖書館、戈登?麥凱工程和應用物理圖書館、弗朗西斯?洛布設計研究院圖書館、法學院圖書館、約翰?肯尼迪行政管理學院圖書館、地質科學圖書館、比較動物學博物館圖書館、生物實驗所圖書館、化學圖書館、物理學研究圖書館、心理學研究圖書館、社會關系圖書館、婦女史圖書館、美術圖書館等。大多數圖書館都對本校2萬名師生和校外研究人員實行開架借閱。
如果哈佛當下沒有讀者急需的壹本書，那麽讀者可以通過圖書館系統使用館際互借的業務，從美國國內其他高校的圖書館，甚至其他國家的圖書館借閱。如果需要的僅是某壹本專著的某壹章節的幾頁而已，那麽出借的圖書館還可以復印相關的幾頁之後給讀者寄來。所有這些設施和服務都免費的。借閱的書目屬於個人隱私。圖書館尊重學者的隱私權，圖書館工作人員壹概不能以任何形式把讀者借書的信息透露給第三者。
借書壹概不限數量，借期不等，而且都可在網上續借。考慮到四年級以上的研究生、教授和來訪的學者使用書籍的時間較長，他們借閱的期限可以長達壹學期，但是壹旦其他讀者需要使用，那麽往往在壹周內需要歸還，保證所有讀者有使用資料均等的機會。本科生和低年級的研究生借書的期限要短得多。
哈佛大學圖書館 和任何其他圖書館壹樣，每壹本書必須在規定的截止期歸還。如果逾期不還，那麽就得罰款。罰款是無法逃脫的，因為圖書館擁有所有讀者的個人信息，如果沒有及時付上罰金，那麽就會在學生的期末賬單上出現。如果是教授或是雇員，圖書館會通過學校的財務科給讀者寄來罰單。
在哈佛的多家圖書館的閱覽室內，都配有舒適的沙發等。讀者累了，就在沙發上靠壹會，然後接著用功，常有學生廢寢忘食攻讀而忘了時間。如果呆在館內壹處並不起眼的角落，閉館之後被關在裏頭的事時有發生。 威德納圖書館是哈佛最大的社會科學和人文科學研究圖書館，收藏國內外歷史、經濟、語言、文學等文獻，僅圖書即有 345萬冊。整個圖書館***藏書六百多萬卷，而且每年仍然以很快的速度增加。
主樓設有哈佛所有圖書館的館藏卡片目錄，以及1977年以來用電子計算機編制的目錄和縮微平片目錄。圖書館建於二十年代，以哈佛的畢業生，年輕的收藏家威德納命名。這位在“泰坦尼克”沈船事件中遇難的校友，在遺囑裏指定死後將所有藏書悉數捐給培養他的母校。圖書館的正門是類似羅馬式的壹排立柱長廊，門前是二十多級的臺階。每次進圖書館前，就像進行壹種心靈上的登攀儀式。 哈佛－燕京圖書館以豐富的東亞文獻收藏聞名於世，規模僅次於美國國會圖書館的東亞文獻館藏。1928年建立， 首任館長為裘開明。 建館時只有中文書4000多冊，日文書1000多冊，到1982年時已有中文書36萬多冊，日文書16萬多冊，其他東亞文字和有關東亞的西文書9 萬多冊。
此外還有縮微膠卷、縮微平片、拓片、照片、小冊子等。漢語藏書中，現有中國古籍4673種，44993 冊、中國地方誌4000種、叢書1500種。所藏《永樂大典》 2冊、《四庫全書》2冊、宋版書16種、元版書38種、明版本1275種為中國以外的孤本。目錄有卡片式和書本式。各文種均有著者、書名、主題和排架目錄。分類采用裘開明的《漢和圖書分類法》，此分類法集四庫分類和現代分類的特點於壹身，為北美的東亞圖書館沿用至今。