秦始皇在公元前213年和公元前212年焚毀書籍、坑殺“犯禁者四百六十余人”。
“焚書坑儒”壹詞出處《史記·卷121·儒林列傳》的說法是“及至秦之季世，焚詩書，坑術士，六藝從此缺焉”。經常被“坑儒”觀點引做證據的是《史記·秦始皇本紀》中秦始皇長子扶蘇的話(“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安，唯上察之。”)，西漢末孔安國(孔子10世孫)《〈尚書〉序》亦言：“及秦始皇滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士逃難解散。”西漢劉向《〈戰國策〉序》：“任刑罰以為治，信小術以為道。遂燔燒詩書，坑殺儒士”。
同時秦始皇焚書並未焚燒醫學、農牧等技術實用書籍。
《史記·秦始皇本紀》：始皇聞(侯生、盧生)亡，乃大怒曰：“吾前收天下書不中用者盡去之。悉召文學方術士甚眾，欲以興太平，方士欲練以求奇藥。今聞韓眾去不報，徐巿等費以巨萬計，終不得藥，徒奸利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。
諸生在鹹陽者，吾使人廉問，或為訞言以亂黔首。”於是使禦史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆阬之鹹陽，使天下知之，以懲後。益發謫徙邊。始皇長子扶蘇諫曰：“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之。”始皇怒，使扶蘇北監蒙恬於上郡。
《史記·儒林列傳》：及至秦之季世，焚詩書，坑術士，六藝從此缺焉。
在秦始皇三十五年(公元前212年)，方士盧生、侯生等替秦始皇求仙失敗後，私下談論秦始皇的為人、執政以及求仙等各個方面，之後攜帶求仙用的巨資出逃。秦始皇知道後大怒，故而遷怒於方士，下令在京城搜查審訊，抓獲460人並全部活埋。