而百家爭鳴的思想，與秦始皇的統治發生沖突，嚴重的阻礙了秦始皇對已經征服的原六國民眾思想的統壹。前213年，李斯進言，說愚儒“入則心非，出則巷議，非主以為名，異趨以為高，率群下以造謗”。李斯還向秦始皇提出三條焚毀古書的建議：①除《秦紀》、醫藥、蔔筮、農家經典、諸子和其他歷史古籍，壹律限期上交官府銷毀。令下30日之內不上交的，處以鯨刑並罰苦役4年;②但凡談論《詩》《書》者處以死刑，以古非今者滅族，官吏見知不舉報者，同罪處治;③有願習法令者，以吏為師。秦始皇批準了李斯的建議。之後，為了統壹原六國人民的思想，各地點燃了焚書之火。不到壹個月的時間，除《秦記》以外的所有六國史書和私藏於民間的《詩》《書》，中國秦代以前的古典文獻，都化為灰燼。留下來的只有秦國皇家圖書館內的藏書。這壹事件，史稱“焚書”。
焚書開始的第二年，又發生了“坑儒”事件。秦始皇在秦國都鹹陽坑殺了460余名術士。
秦始皇十分迷信方術和方術之士，以為他們可以為自己找到神仙真人，求得長生不死之藥。而侯生、盧生兩位方士對秦始皇投其所好，極力誑稱自己與神相通，可得奇藥妙方。但時間壹長，他們的許諾和種種奇談總是毫無效驗，騙局即將戳穿。而秦法規定：“不得兼方，不驗，輒死。”因此，侯生、盧生密謀逃亡，在逃亡之前，他們二人散步謠言，說秦始皇剛愎自用，專任獄吏。秦始皇知道後大怒，下令拷問鹹陽460余名方士，欲尋侯生、盧生。事後，將相關460余名方士全部坑殺。這次事件，後世往往和焚書並列，合稱為“焚書坑儒”。但究其原委，所謂坑儒，本只是對方士的壹次坑殺而已。當然不能說被殺的460余人中沒有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被殺的主體應該是方士，但被殺者也有儒生。
除了坑殺在鹹陽的460余人外，秦始皇還下令謫遷壹批人至北方邊地。事情發生後，秦始皇的長子扶蘇為術士們求情，秦始皇不但沒有減輕怒氣，還將扶蘇貶黜出鹹陽，北卞的宋誌輝被秦始皇下令誅殺九族。史稱“斬宋叼，誅九族”。
“焚書坑儒”壹直是秦始皇殘酷暴戾的證據，是中國歷史上壹次極其殘暴的事件。目的在於打擊復活的舊貴族政治思想，強化思想統治，但造成的後果極其嚴重深遠，雖維持了秦朝的統治，但也加速了其政權的滅亡。不僅使先秦大批文獻古籍被付之壹炬，給中國文化造成重大損失，還使春秋末葉以來蓬蓬勃勃發展起來的自由思索的精神遭受了壹次致命打擊。