對於貧困家庭的孩子來說，每年甚至壹學期的學費已經成為他們入學的主要障礙。這個問題即使在廣東這樣的發達地區也存在。廣東省價格監測中心組織的壹項“廣東省教育收費輿情調查”顯示，教育收費偏高是大多數受訪者的心理，尤其是家庭年收入低於654.38+0.5萬元的低收入家庭。在表達對農村教育收費水平的看法時，大多數農民表示“困難”或“非常困難”。根據在遼寧省黑山縣、彰武縣和內蒙古自治區庫倫旗的調查，三地農民年均純收入約為5000元至2萬元，從全國來看應該處於中等水平。幾乎所有的孩子都有接受九年義務教育的經濟條件，但真正完成初中三年級教育的學生比例很小，壹般不超過30%。調查發現，如此多的孩子放棄接受小學教育，不僅僅是因為經濟原因，更是因為孩子主動輟學。孩子們選擇回家的原因如下:
1.農村人口分散。中學的布局壹般是根據現有的生源設置壹個鄉壹個學校。導致大部分學生不能像小學時那樣去家門口的村小學上學，很多孩子因為交通不便而放棄了學業。2.農村地區的初等教育水平很低。學習條件差，讓大部分小學畢業生在中學後難以適應系統的學習，失去學習興趣，吃過苦後失去動力。3.中國仍然以應試教育體系為主導。孩子小學畢業脫盲後，接受初中教育的唯壹目的就是考上高中，最終考上大學？而初中和高中的課程，對於那些沒上大學只能務農的孩子來說，用處不大。只有參軍和進城工作的人才需要初中畢業證，但這種證只要花錢就很容易拿到。由於基礎差，很多學生對學習失去興趣。另外，學校片面強調升學率，對教師實行量化管理。老師就這樣排斥差生，讓差生上課擡不起頭，不得不退學。我國現行的教育經費負擔模式是城市教育由國家承擔，農村以縣級統籌為主。由於我國大部分縣都屬於“吃飯”財政，可投入教育的資金非常有限，導致很多農村學校難以為繼。
首先，學校建築不足且簡陋。據統計，20世紀末，全國中小學危房約13萬平方米，集中在中西部農村地區。雖然危房在全國中小學建築總量中的比例不到1%，但在中西部經濟欠發達地區的農村卻較高。寧夏中學危房面積為5.32%，小學為4.6%。在新疆，4.05%的中學是危房，3%的小學是危房。青海中學占3.16%，小學占4.33%。
其次，負債嚴重。2003年審計署審計的50個縣，2001年末基礎教育債務為23.84億元，2002年末上升到31億元，增長30%；到2003年6月底，僅半年時間就增長了25.7%，達到38.98億元。債務總額相當於這些地方全年財政收入的80%。教育債務與2000年接受“第九年普通教育”有關。1986年《義務教育法》首次提出2000年為普及九年教育年，並要求學校建設相應的圖書館、教學樓、運動場等硬件設施。後來成了很多地方教育部門的硬任務。各省級教育部門與市(地)政府(行署)教委簽訂了雙向目標責任書，還與地方上下級政府、政府與有關部門簽訂了責任書，將“九五”納入黨政幹部政績考核，“九五”全面鋪開。然而，為了實現“普及九年”的目標，本已困難的基層政府和教育部門不得不向國外借錢或由施工隊資助，他們背負著巨額債務。據調查，截至2000年“九五”驗收前夕，四川省已完成和正在實施“九五”的縣教育債務總額達39億元。同時，省級以下地方財政逐漸萎縮，地方財政承擔教育投入逐漸困難，進壹步加重了各地的教育債務。
三是拖欠教師工資。據中國教育工會1999年上半年調查，全國三分之二的省、自治區、直轄市拖欠教師工資，拖欠總額超過6543.8億元。即使是經濟相對發達的廣東省，從1996到1999，教師工資也壹直拖欠6.4億。據課題組調查，雖然現在情況較好，大部分縣都能保證基本工資及時發放，但不能足額發放是普遍現象。我國農村教育面臨的主要困難是教育負擔不公平。城市實行九年義務教育，教育費用基本由政府承擔，而農村九年義務教育的大部分費用由農民自己承擔。根據國務院發展研究中心“縣鄉財政與農民負擔”課題組的調查結果，我國農村義務教育的投入實際上主要由農民自己承擔。所有投入中，鄉鎮壹級負擔高達78%，縣級財政負擔約9%，省級負擔約11%，中央只承擔2%。
國家教育經費短缺是眾所周知的現實。“問題是，這些有限的教育投入，大部分都被基礎好的城市學校錦上添花了，尤其是重點中小學。這對急需雪中送炭的農村是多麽不公平。”有鑒於此，必須逐步取消城鄉分割的教育投入機制，中央和省級政府要加大對縣級特別是貧困地區的轉移支付力度，逐步降低高等教育經費比例，逐步將教育投入向義務教育傾斜。
同時，義務教育負擔比例要逐步調整，從縣級統籌到省級和中央統籌。從課題組的調查來看，縣級財政可能很難擔負起農村義務教育的負擔。首先，縣級“財權”遠遠小於其“行政權”。中央財政占全國財政總收入的51%，縣鄉兩級只能分得20%左右，而農村學生占1999年全國57215700名初中生的57.2%和13547。其次，中央財政的轉移支付不足以解決落後地區義務教育的實際問題。顯然，越是落後的地區，對教育的投入越少。雖然中央政府從1995開始啟動了“貧困地區義務教育工程”和“義務教育危房改造工程”，但這兩項投入僅占我國義務教育總支出的1%。最後，我國義務教育仍存在巨大的資金缺口。根據財政部1999的調查，1053個縣要完全達到“九五”標準，至少需要投入354億元；截至2000年4月，全國拖欠教師工資76.68億元；此外，農村稅費改革後，將取消農村教育費附加。課題組測算需要填補的資金缺口約200億元，三項合計資金缺口630.68億元。這顯然是壹個很難解決的問題。
他們認為，義務教育經費的工資部分應該由中央統籌。粗略估算:農村義務教育最主要的支出是教師工資。中國有380萬農村小學教師。如果中央政府能保證他們的月收入在500元，那就需要232億人民幣。中國農村有223萬中學教師。如果保證他們每月800元的收入，總成本為2654.38+0.4億人民幣。兩項合計446億元，占2002年全國財政總收入的2.3%。用中央財政來支付義務教育階段最大的教師費用是完全可行的。中國800萬鄉村教師承擔著6600萬農村中小學生的教育，肩負著普及九年義務教育、將中國沈重的人口負擔轉化為高素質人力資源的神聖使命。關註800萬鄉村教師的生存和生活，是保證鄉村教育發展的關鍵。
農村教師的整體素質仍有待提高。相當壹部分農村教師教育觀念陳舊、知識陳舊、方法落後，難以適應教育改革發展的需要；學歷與能力差距較大，進壹步提高農村教師的實際教學能力仍是壹項艱巨的任務。農村教師中，有很多由文職轉為公辦的教師，代課教師也很多，分層次使用，很難保證教師的整體水平。此外，由於工資低、拖欠工資、專業教育水平低、師資來源復雜、管理松散等諸多原因，部分農村教師責任心和專業意識淡漠。教育體系方面，農村基礎教育、職業教育、成人教育融為壹體，系統管理，相互加強。沒有充分利用農村中小學現有的教育設施和相對較強的師資力量辦好職業教育和成人教育，而是另起爐竈，占用了有限的農村教育資源，制約了農村中小學教育的發展。由於農村職業教育和成人教育的設施、資金、人員難以壹步到位，農村職業教育和成人教育流於形式，收效甚微。在辦學形式上，壹是鄉鎮政府全面負責辦學，缺乏社會團體、其他社會組織和公民個人的積極參與，阻斷了農村基礎教育辦學的資源來源；第二，走升學之路，形成“小學-初中-高中-大學”的模式。專業技術教育和農村職業技術教育含量過低，造成大量沒有技能的初高中畢業生失業。另壹方面，鄉鎮企業缺乏大量初、中級技術人員、管理人員和有壹定技術基礎的工人。在教育投入形式上，以政府投入為主，其他形式為輔，但事實是政府投入不到位。鄉鎮領導直接或間接地鼓勵學校通過各種形式的亂收費來補充教育經費的不足，使得學校校長在夾縫中生存——壹方面要為學校的正常運轉和發展籌集資金，另壹方面又要做好隨時為亂收費承擔責任的準備。
中等職業學校普遍存在生存危機，尤其是農林中專。造成這種情況的原因是這些學校不能給農村學生帶來好的就業機會。因此，農村教育的重點應該是提高農村人口素質，培養滿足農業、農村、農民多樣化需求的人才，而不是只考大學。農村九年義務教育必須在目標、內容、形式、結構和布局等方面進行徹底改革，特別是建立農村高等教育體系。發展農村高等教育不是把農民禁錮在農村，各個階層之間、城鄉之間的流動還會照常進行。只有在這個前提下，農村和城市才會共同發展，尋求各自的發展模式，而不是讓農村跟著城市自然慢慢“城市化”。