1934年，榮昭祖受聘於北京輔仁大學，任北京大學哲學系講師。從1934年秋到1937年夏，榮昭祖壹邊搞活動，壹邊積極推動學術研究。先後修訂出版了《中國文學史大綱》(普社1935版)、《魏晉自然主義》(商務印書館1935版)、《韓非子考證》(商務印書館1936版)、《李卓吾評點》(商務印書館65438+版)。此外，他還發表了二十多篇論文，如《月亮秩序的起源考證》(1935)、《他及其思想》、《呂留良及其思想》、《傅德。抗日戰爭爆發後，榮昭祖離開北方，與北大愛國師生壹起南遷。他先在南嶽呆了幾個月，然後去了雲南昆明，在西南聯大教書。從1937年底到1940年夏天，他不僅在艱苦的條件下堅持教學，而且逐漸關註國內的政治和思想鬥爭。他壹方面積極參加學校組織的抗日救亡活動，壹方面表達了對蔣介石消極抗日政策的不滿。1940暑假，他修訂完成了《明思想史》(明凱書店1941出版)。
1940年秋，榮昭祖將妻子送往香港就醫，後加入嶺南大學中文系任教(廣州失陷後，嶺南大學遷至香港)。1942 5438+10月侵華日軍侵占香港後，他帶領家人回到內地，幾經周折，來到非占領區樂昌縣石平鎮，第三次在中山大學任教，生活十分貧困。1944年冬，侵華日軍從湖南侵入石平後，榮昭祖曾兩次被日本兵當作搬運工，但他後來在躲避土匪的匆忙中落荒而逃。
抗日戰爭勝利後，榮昭祖隨中山大學遷回廣州。在從事教學和學術研究活動的同時，我還積極參加進步師生組織的反對迫害、爭取自由的鬥爭，並在率先簽署《保衛人權大聯盟》後，寫詩匯給香港《華商報》(中國* * *)編輯部，表示聲援和支持該報不畏威脅、如實報道國內群眾鬥爭的行動。榮昭祖的進步活動引起了反動當局的不滿。1943年秋，榮昭祖在秘密得知當局迫害他的消息後，不得不匆匆離開廣州，經香港再北上。1946年秋，榮昭祖受聘為北京大學哲學系教授，出版了《先秦法家》(成都交通書店)。在北平，他目睹和聽到了國民黨官員的種種腐敗劣跡，進壹步加深了對國民黨反動政府的認識。從1947到1948，北平人民開展了反饑餓、反迫害、反內戰的愛國運動。榮昭祖和進步師生壹起，也積極參加了這些活動。他們合力保衛祖國文化古都，號召傅將軍起義，為迎接北平和平解放做了大量力所能及的工作。
全國解放後，榮昭祖繼續在北大任教。1952年調入北京市文教委員會文物組，從事文物古跡的檢查、管理和鑒定工作。他還開始撰寫《沅京漕運使赴》等重要論文。後來，在顧頡剛先生的領導下，他和其他同誌對《子鑒》和《徐子鑒》等古籍進行了校勘(後者由榮昭祖壹人完成)。
1956年7月至今在中國科學院哲學研究所工作(中國社會科學院成立後哲學研究所被劃入)，歷任中國社會科學院哲學研究所學術委員會委員、中國民俗學會副理事長、中國民間文藝研究會顧問、國務院古籍整理出版規劃組顧問。除指導研究生研究宋元明哲學史外，還出版了李贄年譜(三聯書店1957出版)、何文集(中華書局1960出版)、王安石《老子註本》(中華書局1979出版)十年浩劫期間，榮昭祖被迫放下研究工作，被發配到河南隰縣、明港工作雖然在1973年被調回北京，但他積攢了幾十年的資料和手稿(包括《中國目錄學大綱》初稿、《李贊傳》、《明清哲學史》)已經在浩劫中消失。這對於壹個學者來說，無疑是無法彌補的損失。粉碎“四人幫”後，榮昭祖回到研究崗位，在年過八旬、身體不便的情況下，仍堅持學術活動，積極著書，繼續為祖國的文化建設貢獻力量。