最令人匪夷所思的是運輸問題。因為那時的埃及沒有馬和車，馬和車是公元前16世紀，也就是胡夫大金字塔建成後的1000年，才從國外引進的。所以即使有足夠的人力，也無法把這2.5噸至160噸的巨石運送到工地。
有人認為是用撬板圓木棍運法。但是這種方法需要消耗大量的木材，而當時埃及的主要樹木是棕櫚，無論是數量、生長速度，還是木質硬度，都遠不能滿足運輸的需要，而進口木材是不可能的。
有人認為是水運法。1980年，埃及吉薩古跡督察長哈瓦斯進行巖心取樣，挖到30多米深時，發現了壹個至少15米深的巖壁，這可能是埃及第四王朝時開鑿的港口。
後來，又發現了連通港口的水道。但是，沒有滑輪、絞車等起重設備，把這些巨型石塊搬上卸下，而且水面和巖岸至少有15米以上的落差，這比陸地撬運還難。
陸運和水運都不行，難道他們空運不成？法國工業化學家從化學和微觀的角度對金字塔進行了研究。他認為，這些石塊並不是渾然壹體的，而是石灰、巖石、貝殼等物質的黏合物。因為使用的黏合劑有很強的凝固力，所以人們幾乎無法分辨出它到底是天然石塊，還是人工石塊。這似乎可以適當地解決運輸困難的問題。
但是這種強勁的黏合劑，不僅在古籍中沒有記載，而且，這位化學家用了現代化的手段，也還沒有分析出來。因此，運輸問題，依然是壹個不解之謎。