明後較長壹段時期，本草學沒有大的發展。這是因為《本草綱目》出版後不久，腐朽的明王朝就土崩瓦解。代之而起入主中華的是滿族奴隸主。他們壹時還不能完全適應先進的漢文化，為了維護自己的統治地位，他們在政治上閉關鎖國，在文化上大興文字獄，桎梏了學者的思想，窒息了學術的發展。在黑暗的社會現實中，許多學者為了不招至殺身之禍，不得不鉆故紙堆，從事古籍的考據註釋工作。本草學也壹樣，很多學者對以前的本草著作進行註釋、輯復、刪繁、改編等工作，但很少有創造性的作品出現。至到18世紀下半葉，趙學敏的《本草綱目拾遺》這壹著作的出現，才稍稍改變了這壹局面。