蒙古草原上和森林中生長著豐富多樣的藥用植物，蒙古族人民在同大自然和疾病的鬥爭中，用這些藥用植物來治療疾病和骨折、外傷，積累了不少的藥物學方面的知識。在史料中記載了蒙古地區的特產藥物肉蓯蓉。在六百多年前拉施達丁所著的《史集》中曾經記載成吉思汗以前居住在鄂畢河上遊森林裏的“兀刺速惕、帖良古惕和客思的迷這些部落熟悉蒙古藥劑，以用蒙古方法很好地治病聞名於世”的史實。
元代時，隨著國內各兄弟民族間經濟文化的廣泛交流，歐、亞兩州各國之間的頻繁交往，蒙醫藥也進入了壹個新的發展時期。
藥物方劑方面的知識也進壹步得到了發展和豐富。內地和國外的壹些藥物進入了蒙古地區，蒙古草原的特產肉蓯蓉等藥物也傳送到內地和國外。各地藥物的廣泛交流，也豐富了蒙藥學、方劑學的內容。
16世紀以後，隨著經濟文化的發展，傳統的古代蒙醫藥也有了進壹步的發展和提高。出現了如《方海》《四部甘露》《蒙藥正典》等藥學專著。
1949年以後，在黨的民族政策和民族醫藥政策指導下，蒙醫藥得到了應有的地位。並且跨入了新中國高等教育的行列。在內蒙古醫學院設立了蒙醫專業，並建立了蒙醫學院，從此有了培養蒙醫藥高級人才的基地。制定了《內蒙古蒙藥材標準》《內蒙古蒙成藥標準》，編寫出版了《中國醫學百科全書·蒙醫分卷》、部分蒙藥也被編入《中國藥典》（90版）中，從而保證了用藥的質量和療效。也組織力量撰寫出了蒙醫藥專業用統編教材，使高等蒙醫藥教學步入了科學化、規範化、標準化的軌道。同時也促進了蒙醫藥學知識理論化、系統化的進程。