《孔氏南宗文獻叢書》，南宋初年，孔子第48世嫡長孫、衍聖公孔端友率部分族人扈蹕南渡，寓居浙江衢州，重建宗廟。此後近900年歷史中，逐漸形成了以衢州孔氏家廟為重要物質遺存、以衢州孔氏為核心、支派遍布江南地區、由孔子後裔組成的特殊宗族——孔氏南宗。
孔氏南宗繼孔子之德教，以詩書傳家，自南宋初年至民國時期的820年間，有50多名著述者、逾100種著述類文獻見於記載。孔氏南宗著述是孔子世家著述的重要組成部分，但由於長期處於平民地位，加之支派分布廣泛，文獻散佚情況相當嚴重，可謂二不存壹。
由衢州學院孔氏南宗文化研究中心編纂的《孔氏南宗文獻叢書》***48冊，搜集整理收錄孔氏南宗族人的著述41種，記載孔氏南宗的著述2種，不僅厘清了孔氏南宗內在的發展脈絡和機制，而且對江南學術的梳理、浙學的研究、宗族史和社會史的研究具有重要促進作用，構築了孔氏南宗研究的新高地。
孔氏南宗著述是孔子世家著述的重要組成部分。
孔氏南宗繼孔子之德教，以詩書傳家，自南宋初年以來至民國時期的820年間，代有著述，文獻豐富。根據現有史料考證，孔氏南宗有著述者見於記載的有50多人，著述類文獻見於著錄者逾100種（不包括宗譜、族譜、家譜、家乘、祠譜、淵源錄等文獻），兼涉經、史、子、集諸部，由此可見孔氏南宗家族之大、脈絡之廣、文獻之富。
然而，由於形成於特殊歷史時期，且長期處於平民地位，加之支派眾多而分布廣泛，孔氏南宗文獻散佚情況相當嚴重，可謂二不存壹，至今存世者僅40多種。