瘟疫在中國史料中早有記載。如《周禮·天官·冢宰》記載：“疾醫掌養萬民之疾病，四時皆有癘疾。”《呂氏春秋·季春紀》記載：“季春行夏令，則民多疾疫。”說明當時對瘟疫的認識已經達到了壹定水平，認為瘟疫壹年四季皆可發生，原因之壹是由於時令之氣的不正常，是由“非時之氣”造成的。
現存最早的中醫古籍《黃帝內經》也有記載。如《素問·刺法論》指出：“五疫之至，皆向染易，無問大小，病狀相似……，正氣存內，邪不可幹，避其毒氣。”《素問·本能病》篇：“厥陰不退位，即大風早舉，時雨不降，濕令不化，民病溫疫，疵廢。風生，民病皆肢節痛、頭目痛，伏熱內煩，咽喉幹引飲。”指出溫疫具有傳染性、流行性、臨床表現相似、發病與氣候有關等特點，並認為只要“正氣存內”，就能“避其毒氣”。