黃裕基原籍福建泉州晉江，明朝崇禎年間隨父遷居南京。黃裕基在康熙十八年考上了科舉，對詞有了很多了解。因為母親的去世和孝順，他沒有去北京參加考試。後來，許推薦他到國子監參與編纂明史。康熙二十三年，許之弟許編《大清統誌》，推薦黃裕基編福建省部分。
錢清堂是黃裕基的父親黃忠忠創建的。黃中柱是萬歷十三年舉人，官至南京國子監丞。黃忠對藏書如此癡迷，為了藏書他常常不吃不睡。黃仲中壹生前後藏書6萬余冊。黃裕基在父親的基礎上又加了更多，達到八萬多冊。
錢清堂收藏的書籍是明代著述中最完整的。從明朝16世紀皇帝、將軍的作品，到布衣文人的雜詩，沒有壹本書不是搜個網。當時的名士錢經人介紹，到錢清堂借書，讀了許多以前沒讀過的明代詩詞，對《錢清堂集》評價很高。目錄學史上著名的《錢清堂書目》是黃禹錫根據家中收藏的書籍編撰而成。
《錢清堂書目》三十二卷，共分四部，按經典、歷史、書籍、藏書五十壹類排列。在每壹類之下，首先列出的是明代人的著述，其次是南宋鹹淳和遼金元時期的著作。共收錄明人作品14000余種，宋、遼、金、元作品2400余種，是現在最完整的反映明人藝術和文學的作品。黃裕基和當時的另壹位藏書家丁互相抄襲各種書籍。後來他們訂了古觀社的書，約定每月13日丁去黃玉吉家，黃玉吉15日去丁家抄書，書林成了美談。
康熙十八年，清政府重開明史館，召集全國知名學者研究明史。康熙二十年，黃裕基應邀入館研究藝文誌，並以《乾清堂書目》為依據，廣泛閱讀公私藏書，撰寫《明史藝文誌稿》。後來，王起草了《明史·藝文誌》。
黃禹錫祖籍故居在安海鎮朝天井。祖屋頭原本掛著壹副木刻對聯，上面寫著:“壹書目鋪千頃；十條家規韻五個字。”除了錢清堂的書目，還有其他書籍，如《我的貴軒集》、《簡初集》、《朝雙亭集》、《蟬巢集》、《史傳》、《開元雜誌》等，但大多已經失傳。