國內方面
桐君采藥錄》壹書流傳到晉代，約4～5世紀頃，曾被陳延之的《小品方》引錄有個別內容。
迄6世紀頃的梁代陶弘景在其《本草經集註》等著作中均引用了《桐君采藥錄》（見《本草經集註·序錄》：“又有《桐君采藥錄》，說其花、葉、形、色。”據敦煌出土殘卷本）。而在約同期的簿錄著作《七錄》中卻記載了“《神農采藥經》二卷”的書目，惟此書早佚，其與《桐君采藥錄》有何關系，抑或同書之異稱，已不得知。
在公元7世紀的中國隋朝官藏圖書編目的《隋書·經籍誌》和公元8～9世紀的唐朝官藏圖書編目的《舊唐書·經籍誌》、《新唐書·藝文誌》等書中均記載了“《桐君藥錄》三卷”的書目。
公元10世紀中的北宋時期，由政府編修的大型類書《太平禦覽》中不僅直接引用了《桐君采藥錄》的佚文條，而且還收載了《吳氏本草》中轉引的《桐君采藥錄》多處。
在北宋中後時期，即公元12世紀，鄭樵的《通誌·藝文略·醫方類》及公元13世紀王應麟的《玉海》（卷六十三）二書中均收載了“《桐君藥錄》”的書目，惟前書記其為二卷，後書記其為三卷，但此時不知《桐君采藥錄》是否尚存。
惟在公元11世紀中期官修的《（嘉祐）補註神農本草》中，雖也在各藥物項內根據《吳普（氏）本草》轉引了部分《桐君采藥錄》的佚文，但同時卻明確指出：“《吳氏本草》今廣內不復有”（見：《政和本草》或《大觀本草》卷壹“補註所引書傳”），說明《吳氏本草》在當時已經失傳了。
11世紀末唐慎微在其《證類本草》中，壹方面引用陶弘景（即“陶隱居雲”）《本草經集註》，並轉引了《桐君藥錄》的部分佚文；另壹方面又通過引用《嘉祐本草》（原書作“臣禹錫等謹按”註文）轉引了《吳氏本草》中收錄的部分《桐君藥錄》佚文。
到了16世紀李時珍撰寫的《本草綱目》壹書中，再次轉引《本草經集註》所引的《桐君藥錄》佚文，但其文字略有節刪。
國外方面
①日本——《桐君采藥錄》傳入日本的具體時代不詳。但公元9世紀末在日本的書目學著作《日本國見在書目錄》中已記有“《桐君藥錄》二卷”之目（據富士川遊《日本醫學史》轉引）。
在公元10世紀末丹波康賴的《醫心方》壹書中有引用《小品方》轉引《桐君采藥錄》的佚文1條，但無直接引錄《桐君》之文。
到了公元13世紀，在日本惟宗具俊的《醫談抄》及惟宗時俊的《醫家千字文》二書中均引錄了《桐君（藥）錄》的同樣佚文。
②朝鮮——在16世紀初，朝鮮方面由許浚等人撰寫的《東醫寶鑒》壹書的“歷代醫方”文中記有以下二書書目：“《采藥對》，桐君所著。黃帝臣也。《采藥別錄》，桐君所著。黃帝臣也。”此二書似為《桐君采藥錄》壹書兩種不同傳本的異稱，雖然在《東醫寶鑒》中並未引用該書佚文，但不難看出，《桐君采藥錄》已傳入朝鮮，具有很大的影響。
流傳過程中的變動問題
根據上述可以知道，《桐君采藥錄》壹書的流傳過程是從公元1～2世紀至公元10世紀，歷代反復傳抄與引錄業已經歷了上千年的時間，而對其後世的多種傳本中有無經過被人節刪或補充等屬於文字變動的問題，雖然尚無足夠的證據，但從其佚文的文體風格等特征方面分析，尚存有令人置疑之處。其中如《漢書·藝文誌拾補·經方》在其“《桐君采藥錄》”條中即指出：“《（太平）禦覽》卷八六七引《桐君錄》”佚文有“茶花”壹藥，“此不知為其本文?（或）為後人註文?”（據岡西為人《宋以前醫籍考》轉引《漢書·藝文誌拾補·經方》）
又如筆者據北宋中期王堯臣的《崇文總目》所記其當時所見知的圖書目錄中有：“《采藥論》壹卷。闕。”此外《通誌》與《宋史·藝文誌》均載有此目，也未著撰人。又聞浙江天壹閣曾藏有抄本，但今也不詳。按此書名恰好與《桐君》全書名稱中的“采藥”二字相符，至於是否系後書的節錄改編本，抑或另壹相類著作，亦屬疑問之列。
此外，筆者據相關古籍所輯多條《桐君》佚文所記藥物產地的始置時代加以考察時，有以下壹些。
西陽（縣）——見“茗”及“苦菜”條，巴東（縣）——見“茗”條，晉陵（縣）——見“茗”及“苦菜”條，廬江（縣及郡）——見“苦菜”條，臨朐（縣）——見“薯蕷”條，鐘山（縣）——見“薯蕷”條，泰山（郡）——見“虎掌”條，宛句（縣）——見“虎掌”條。以上各地名開始設置時期均為漢代。
武昌（縣）——見“茗”及“苦菜”條，廣（州）——見“續斷”條。以上二地始置時期均為三國吳時。
晉熙（縣及郡）——見“苦菜”條，上雒（縣及郡）——見“占斯”條。以上二地始置時期均為晉代。
此外在槁本（芎(艹窮)）條中尚記有“東山”壹地，乃隋代時始置縣，但後廢。或以“東山”為“山東”之倒，而“山東”在戰國時期為六國之稱，但作為“山東縣”則為遼時始置。以上從《桐君》佚文中的地名考察，尚可見到個別漢代以後地名。這種情況和壹些傳世的《神農本草經》佚文中羼有由其後的《名醫別錄》混入的某些產地地名的情況頗相類似，說明在其本文中已多少有被人加工的成分。