秦漢是我國醫學史上承前啟後、繼往開來的發展時期。其表現有以下主要特點：
1、辯證論治思想的確立。辯證論治的思想出現於先秦。秦漢時期，經過無數醫家的努力，特別是東漢張仲景《傷寒雜病論》中以六經論傷寒、以臟腑辨雜病，形成了壹套理法方藥相結合的體系，建立了辨證論治的基本規範。確立了四診、八綱、臟腑、經絡、三因、八法等辨證論治的基本理論。
2、出現了醫案。西漢淳於意在繼承前入學術經驗的基礎上，記錄所診治病人必詳列姓名、身份、籍裏、性別、病名、病因、脈證、診斷、治療（方藥、針灸、含漱藥、竄藥等），預防等，反映了早期醫案淳樸可鑒的學術風格，為後世醫家書寫醫案樹立了榜樣。
3、在臨床醫學進展突出。華佗創用麻沸散施行外科手術，雖然其方藥、操作技術失傳，但它卻在學術思想上啟迪了外科醫家。張仲景的《傷寒雜病論》在外感熱病和內科雜病等辨證論治方面的理論與實踐，被歷代醫家奉為圭臬。
4、初步奠定藥物方劑學體系。以《神農本草經》為代表，集東漢以前藥物學術經驗之大成，對歷代本草學和方劑學發展有著深遠的影響。《傷寒雜病論》所載方劑及方劑學理論，被尊為眾方之祖。